内容简介
《表观遗传学与复杂性疾病》的上篇将系统阐述表观遗传学的基本概念、内涵、外延及相关研究进展,使读者对DNA甲基化、组蛋白修饰、microRNA、X染色体失活、染色质重塑等重要概念形成比较全面、清晰的认识。下篇将以自身免疫性疾病、代谢性疾病及恶性肿瘤等疾病作为典型代表,重点阐述表观遗传修饰在人类复杂性疾病发生、发展过程中的作用及其分子机制,并介绍表观遗传学研究方法,包括近年来开始兴起的高通量测序方法在表观遗传研究中的应用,书末就表观遗传修饰的干预药物及其研究进展进行综述。
作者简介
陆前进,教授,博士生导师,一级主任医师,首届湘雅名医,卫生部有突出贡献中青年专家,中南大学皮肤性病研究所所长,医学表观基因组学湖南省重点实验室主任,中华医学会皮肤性病学分会候任主任委员。长期从事表观遗传学与免疫调控及其在自身免疫病发病机制中的作用及临床应用研究。先后主持国家自然科学基金重大国际合作项目、国家自然科学基金重点项目、“973”计划课题等。以第1作者或通信作者在Lancet、JAMA、Blood、,Immunol等杂志发表论文130篇。作为第1完成人获得2012年湖南省科技进步一等奖及2015年湖南省自然科学一等奖,2014年获国际皮肤科联盟杰出贡献奖。
于文强,复旦大学教授,博士生导师,医学博士。瑞典乌普萨拉大学、美国约翰·霍普金斯大学医学院博士后,美国哥伦比亚大学医学院Associate Research Scientist。目前为复旦大学生物医学研究院高级PI(principle investigator),“长江学者”特聘教授,973项目首席科学家。长期从事器官发育表观遗传学机制和肿瘤抑制基因沉默的表观遗传学机制研究,承担973、国家自然科学基金、上海市重点基础研究及浦江人才计划等项目。成果先后发表在Nature、Nature Genetics等杂志上,被Cell和Nature genetics等杂志进行重点评论和推介,对其成果给予了很高评价。
吕红,教授,博士生导师,复旦大学生命科学学院,遗传工程国家重点实验室PI,上海市工业菌株工程技术研究中心主任,中国遗传学会微生物遗传专业委员会委员。长期从事酵母分子遗传学与表观遗传学在基因表达调控中的机制及应用研究。先后承担了国家863项目(项目首席)、973课题(主持)、国家自然科学基金重大研究计划、教育部博士点优先发展领域等科研项目,作为通信作者在Journal of Cell Science、Cancer Research、BMC Genomics、Journal of Biological Chemistry等杂志上发表论文,授权发明专利10项,作为第1完成人获得上海市技术发明二等奖、教育部技术发明二等奖等奖项。
内页插图
精彩书评
★“本书从表观遗传学基础理论着手,结合其相关研究进展进行了系统的论述,从恶性肿瘤、自身免疫性疾病、代谢性疾病、心血管系统疾病及神经精神疾病方面重点阐述了表观遗传修饰在人类复杂性疾病发生、发展过程中的作用及其分子机制,并详细介绍了表观遗传学研究方法、表观遗传修饰的干预药物及其研究进展。我相信此书的出版必定能极大地推动我国复杂性疾病的表观遗传机制及其临床应用研究进程!”
——夏家辉 中国工程院院士
★“编者团队近年来在表观遗传调控机制及其临床应用研究领域取得了许多原创性的研究成果,积累了丰富的经验。全书内容丰富,紧跟科学前沿发展,论述深入浅出。深信本书的出版必将对复杂性疾病的表观遗传学基础与临床研究起到极大的推动和促进作用。”
——尚永丰 中国科学院院士
目录
上篇 表观遗传学基础理论
第一章 染色质的结构与功能
第一节 概述
第二节 染色质的基本结构单位——核小体
第三节 染色质的高级结构
第四节 染色质形成的特殊结构
第二章 DNA甲基化与基因表达调控
第一节 DNA甲基化
第二节 真核生物DNA甲基转移酶
第三节 甲基化DNA结合蛋白
第四节 DNA去甲基化
第五节 DNA羟甲基化
第三章 组蛋白与表观遗传调控
第一节 组蛋白的翻译后修饰
第二节 组蛋白变体
第三节 染色质重构
第四章 非编码RNA与基因表达调控
第一节 非编码RNA的发现
第二节 基因组功能分区
第三节 非编码RNA分类
第五章 表观遗传修饰调控网络
第一节 概述
第二节 组蛋白密码
第三节 组蛋白修饰与DNA甲基化之间的关联
第四节 组蛋白修饰与非编码RNA
第五节 DNA甲基化与非编码RNA
第六章 干细胞表观遗传学
第一节 胚胎干细胞表观遗传学
第二节 成体干细胞表观遗传学
第三节 肿瘤干细胞表观遗传学
第七章 基因组印记
第一节 基因组印记概述
第二节 基因组印记与胚胎发育
第三节 遗传印记的表达调控
第四节 印记相关疾病
第五节 基因印记与X染色体失活
第八章 X染色体失活
第一节 概念
第二节 分子机制
第三节 X染色体失活逃逸
下篇 表观遗传修饰与复杂性疾病
第九章 概论
第一节 复杂性疾病概述
第二节 表观遗传修饰与复杂性疾病
第三节 表观遗传修饰与复杂性疾病治疗
第十章 表观遗传修饰与肿瘤
第一节 概论
第二节 表观遗传修饰与肝癌
第三节 表观遗传修饰与肺癌
第四节 表观遗传修饰与结肠癌
第五节 表观遗传修饰与前列腺癌
第六节 表观遗传修饰与脑瘤
第七节 表观遗传修饰与食管癌
第八节 表观遗传修饰与鼻咽癌
第九节 表观遗传修饰与卵巢癌
第十节 表观遗传修饰与皮肤黑色素瘤
第十一节 表观遗传修饰与血液系统肿瘤
第十一章 表观遗传修饰与自身免疫性疾病
第一节 表观遗传修饰与系统性红斑狼疮
第二节 表观遗传修饰与类风湿关节炎
第三节 表观遗传修饰与银屑病
第四节 表观遗传修饰与系统性硬皮病
第十二章 表观遗传修饰与代谢性疾病
第一节 概论
第二节 表观遗传修饰与糖尿病
第三节 表观遗传修饰与骨质疏松
第十三章 表观遗传修饰与心血管系统疾病
第一节 概论
第二节 表观遗传修饰与高血压
第三节 表观遗传修饰与动脉粥样硬化
第十四章 表观遗传修饰与神经精神疾病
第一节 概论
第二节 表观遗传修饰与神经退行性疾病
第三节 表观遗传修饰与常见精神性疾病
第十五章 表观遗传学研究方法
第一节 概论
第二节 DNA甲基化研究方法
第三节 组蛋白修饰研究方法
第四节 miRNA研究方法
第五节 高通量测序方法在表观遗传研究中的应用
第十六章 表观遗传修饰干预药物
第一节 概论
第二节 DNA甲基化干预药物
第三节 组蛋白去乙酰化酶抑制剂
第四节 展望
索引
前言/序言
20世纪50年代初,Watson和Crick共同建立了DNA分子双螺旋结构模型,成为生命科学领域具有划时代意义的突破性发现。自此,遗传学迅速兴起,成为现代医学研究领域中的一个重要分支,人类认识到基因缺陷和基因突变可以导致疾病的发生,例如红绿色盲、血友病、珠蛋白生成障碍性贫血(地中海贫血)等。然而,基因并不能决定一切生命过程,特别是对于糖尿病、心血管疾病、自身免疫性疾病、神经精神性疾病、恶性肿瘤等慢性复杂性疾病及衰老等病理生理改变,环境因素在这些生命过程中同样具有重要影响,这在大量同卵双生子的研究中得到证实。事实上,基因的表达活性在不同组织细胞和不同生理、病理状态下存在可变性,而环境的影响可能改变基因表达的调控;有研究表明,这种影响甚至在出生以前就已产生,而且其在胚胎时期所产生的影响可能伴随人的一生。然而,环境因素如何影响基因表达并参与各种生理及病理生理过程尚不清楚。在这一背景下,表观遗传学应运而生,其主要研究在DNA核苷酸序列不发生改变的基础上而基因表达发生了可遗传的改变。DNA甲基化、组蛋白修饰和microRNA是目前研究最广泛和最深入的表观遗传分子机制。这些表观遗传修饰通过直接或间接地对染色质空间结构及压缩状态进行动态调节,使得基因组中特定功能的基因在特定的场所和特定的时间条件下准确表达或关闭表达,从而影响生长、发育、凋亡等生命过程。换言之,表观遗传修饰可在环境因素的影响下参与基因表达调控,从而影响表型,这一过程不依赖于DNA遗传序列的改变。
事实上,表观遗传修饰异常在人类复杂性疾病的发病机制中起重要作用,这一观点通过近年来大量相关研究报道引起广泛认同。随着人类基因组计划的完成,新兴的高通量测序技术和生物信息学技术逐步得以普及,使得我们从全基因组水平进行表观遗传学研究成为可能。这一技术和研究理念革命性的飞跃使得人类表观基因组计划得以实施,针对恶性肿瘤、自身免疫性疾病等重大复杂性疾病的表观基因组学研究得到迅猛发展。令人瞩目的是,表观遗传修饰本身具有可逆性,这为我们治疗和逆转复杂性疾病带来了希望之光。随着对复杂性疾病表观遗传分子调控机制的深入研究,以及表观遗传药物及干预技术的开发,未来医学有望实现在早期利用表观遗传分子标记对患病风险进行筛查和预警,甚至可能通过特定的饮食、药物或环境干预手段,逆转疾病相关的异常表观遗传修饰状态。
近十余年来,表观遗传学研究已成为国际、国内生物医学领域的热点和前沿,然而国内目前介绍表观遗传学的著作和译著为数不多,而集中阐述与人类复杂性疾病相关的表观遗传机制的著作尚未面世。本书的编写将尝试填补这一空白,通过对迄今为止国内外相关研究成果的汇编与梳理,为表观遗传学研究人员提供一部较为全面、系统和便捷的参考资料和工具书。
本书的上篇将系统阐述表观遗传学的基本概念、内涵、外延及相关研究进展,使读者对DNA甲基化、组蛋白修饰、microRNA、X染色体失活、染色质重塑等重要概念形成比较全面、清晰的认识。下篇将以自身免疫性疾病、代谢性疾病及恶性肿瘤等疾病作为典型代表,重点阐述表观遗传修饰在人类复杂性疾病发生、发展过程中的作用及其分子机制,并介绍表观遗传学研究方法,包括近年来开始兴起的高通量测序方法在表观遗传研究中的应用,最后就表观遗传修饰的干预药物及其研究进展进行综述。
在本书的撰写过程中,我们尽力努力为读者呈现准确、翔实和前沿的知识,但限于作者学识水平和经验,加之科研工作的繁重和时间紧迫,本书的疏漏之处在所难免,恳请同行专家和广大读者惠予指正。
本书从策划到出版历时3年多,在此过程中全体编写人员在繁重的科研、教学与临床之余付出了辛勤的劳动,借此机会表示诚挚的谢意!医学遗传学国家重点实验室夏家辉院士及天津医科大学尚永丰院士在百忙之中欣然为此书作序,在此深表谢意!另外,此书出版得到了北京大学医学出版社的大力支持,在此表示感谢。
基因表达的无形指挥家:探索表观遗传学在多维度疾病中的作用 在生命的蓝图中,DNA序列如同印刷的文字,精确地记载着生命的遗传信息。然而,这并非故事的全部。我们体内的细胞,就如同拥有着精密的调音师,能够根据环境、生活方式甚至细胞自身的历程,对这些基因文字进行精细的“演奏”——何时开启,何时关闭,又以何种强度进行。这种调控,并非改变DNA本身的序列,而是通过一系列化学修饰和蛋白结合,像一层无形的“指挥棒”,精确地指示着基因的表达。这就是表观遗传学的核心所在。 表观遗传学,这个曾经在生命科学领域略显神秘的词汇,如今已成为理解生命奥秘,尤其是复杂疾病发病机制的关键钥匙。它揭示了基因与其功能之间并非固定不变的僵化关系,而是存在着动态、可塑且可遗传的调控网络。这种调控,如同为基因的表达谱谱写了更为丰富和细腻的乐章,深刻地影响着细胞的功能,进而关乎个体的健康。 本书将带领您深入探索表观遗传学的迷人世界,并重点聚焦其在复杂疾病中的核心作用。复杂疾病,顾名思义,其发病机制往往不是由单一基因突变所致,而是由遗传易感性、环境因素以及生活方式等多重因素相互作用的结果。例如,糖尿病、肥胖、心血管疾病、癌症、神经退行性疾病以及精神疾病等,都属于这一范畴。在这些疾病的发生发展过程中,表观遗传学的调控扮演着至关重要的角色。 一、表观遗传学的基石:DNA甲基化与组蛋白修饰 要理解表观遗传学如何影响疾病,我们首先需要了解其主要的调控机制。其中,DNA甲基化和组蛋白修饰是两大核心的“指挥棒”。 DNA甲基化: 这是一个在DNA分子上添加甲基基团的过程,通常发生在胞嘧啶碱基上,形成5-甲基胞嘧啶。这种修饰如同在基因序列的某些关键位置“打上记号”,常常导致基因表达的沉默。想象一下,在基因的“开关”旁边加上了一个“停止”的标志,基因就难以被激活。DNA甲基化的模式并非一成不变,它可以在细胞分裂过程中稳定地传递给子代细胞,也可以受到环境因素的影响而发生动态改变。在许多癌症中,我们常常观察到抑癌基因的启动子区域发生异常高甲基化,导致其沉默,从而加速了肿瘤的生长。 组蛋白修饰: DNA并非裸露地存在于细胞核中,而是缠绕在组蛋白(histone)周围,形成核小体。组蛋白就像是缠绕DNA的“线轴”。组蛋白的N末端可以接受多种化学修饰,例如乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等。这些修饰改变了组蛋白与DNA之间的相互作用,从而影响染色质的紧密程度,进而决定基因的可及性和转录活性。例如,组蛋白的乙酰化通常会削弱组蛋白与DNA的结合,使染色质变得松散,有利于基因的转录;而某些甲基化修饰则可能促进染色质的紧密聚集,抑制基因表达。这些修饰的精妙组合,构成了细胞内基因表达的复杂调控网络。 二、表观遗传学的“记忆”:跨代遗传与环境影响 表观遗传修饰的独特之处在于,它们可以被“记忆”并传递。 跨代遗传: 尽管DNA序列在生殖细胞中会经过重编程,但一些表观遗传标记,特别是那些与生殖细胞发育或早期胚胎发育相关的修饰,能够被传递给下一代。这意味着,父母的生活方式或经历,甚至可能通过表观遗传标记,对后代的健康产生间接影响。例如,研究表明,父母的营养不良或暴露于某些环境毒素,可能会在后代中留下表观遗传“印记”,增加其患某些疾病的风险。 环境与生活方式的塑造: 表观遗传标记并非一成不变,它们对环境因素极其敏感。饮食、运动、压力、睡眠、吸烟、饮酒以及接触环境污染物等,都能够直接或间接影响DNA甲基化和组蛋白修饰的模式。这为我们理解遗传易感性与环境因素如何共同作用于疾病的发生提供了全新的视角。例如,一项长期的健康研究可能会发现,虽然某些人群具有某种疾病的遗传倾向,但积极健康的生活方式能够通过调节表观遗传标记,有效降低疾病的发生率。 三、复杂疾病的表观遗传学图景 本书将深入剖析表观遗传学在各类复杂疾病中的具体表现: 癌症: 癌症是最早被深入研究表观遗传学的疾病之一。基因组不稳定性、肿瘤抑制基因的沉默、癌基因的激活,都与异常的DNA甲基化和组蛋白修饰密切相关。了解这些表观遗传学改变,为癌症的早期诊断、预后评估以及开发靶向治疗提供了新的思路。 神经退行性疾病: 阿尔茨海默病、帕金森病等神经退行性疾病,其发病机制复杂,涉及神经细胞的损伤和死亡。表观遗传学调控失常被认为是导致这些疾病的重要因素,例如,影响淀粉样蛋白和tau蛋白病理形成的基因表达调控。 代谢性疾病: 糖尿病、肥胖等代谢性疾病与机体对胰岛素的敏感性、能量代谢等密切相关。表观遗传学修饰能够调控参与这些过程的基因表达,因此,其异常改变与这些疾病的发生发展有着千丝万缕的联系。 精神疾病: 抑郁症、精神分裂症等精神疾病,其遗传和环境因素交织作用。研究发现,表观遗传学改变可能影响神经递质系统的功能,以及大脑的可塑性,从而在这些疾病的发病中发挥作用。 自身免疫性疾病: 自身免疫性疾病是指免疫系统错误地攻击自身组织。表观遗传学在免疫细胞的分化、激活以及免疫耐受的维持中扮演着关键角色,其失调可能导致自身免疫性疾病的发生。 四、表观遗传学研究的未来展望 表观遗传学的研究正在以前所未有的速度发展,这为我们理解和干预复杂疾病带来了新的希望。 诊断标记物: 异常的表观遗传标记,例如特定基因的异常甲基化模式,可能成为疾病的早期诊断标志物,甚至预测疾病的进展和预后。 治疗靶点: 针对表观遗传调控机制的药物,如DNA甲基转移酶抑制剂和组蛋白去乙酰化酶抑制剂,已经在一些疾病的治疗中显示出潜力,为开发更精准、副作用更小的治疗方法提供了可能。 精准医疗: 结合个体的遗传背景、生活方式以及表观遗传学特征,实现“精准预防”和“精准治疗”,将是未来医学的重要发展方向。 本书将以严谨的学术态度,清晰的逻辑,深入浅出的语言,为您展现表观遗传学与复杂疾病之间错综复杂的联系。它不仅是对当前研究成果的梳理与总结,更是对未来研究方向的探索与展望。无论您是生命科学领域的专业研究者,还是对人类健康奥秘充满好奇的读者,本书都将为您提供一个全新的视角,帮助您更深刻地理解生命的本质,以及疾病的复杂成因。