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內容簡介

　　R語言近年來成為統計分析的受歡迎軟件之一，已廣泛用於生態、金融、統計、互聯網、醫療和農林牧漁等行業，並涉及大數據、生物信息學以及人工智能等領域。
　　《R與ASRme1-R統計學/國傢林業局普通高等教育“十三五”規劃教材》主要麵嚮農林業試驗數據，係統介紹瞭R與ASReml—R的統計應用，全書共分11章，具體包括R語言簡介、基礎語法、數據創建、數據管理、基礎統計、高級統計、試驗設計、基礎繪圖、高級繪圖、遺傳評估和程序包開發。
　　《R與ASRme1-R統計學/國傢林業局普通高等教育“十三五”規劃教材》內容新穎，覆蓋麵廣，應用性強，而且章節閤理、結構清晰、行文規範，適用於林學類、植物生産類、生物科學類、草學類、醫學類等專業本科生的統計分析教材，也可供相關專業的研究生和科研工作者參考使用。

作者簡介

　　林元震，男，福建仙遊人，1979年5月生，博士，副教授，碩士生導師。九三學社社員，澳洲聯邦科工組織PlantIndustry訪問學者，瑞典農業大學UPSC訪問學者，廣東省本科高校林學類專業教學指導委員會秘書，廣州市林業中級職稱評審專傢，華南農業大學林木遺傳育種教研室主任，華南農業大學青年骨乾教師，廣東省韆百十工程第五批校級培養對象，，Plant Biochem，Plant Growth Regulation，Aquaculture Research，《華南農業大學學報》等期刊審稿人。研究方嚮為林木分子育種、林業統計分析及生物信息學。近五年來，主持和參與瞭國傢自然科學基金、國傢林業行業公益項目、廣東省林業科技創新項目等20餘項，在Forest EcolManage、Biotech Letters、JPBB等國內外核心期刊上發錶瞭10餘篇學術論文，其中，SCI收錄5篇，齣版國傢教材1部，並獲廣東省精品教材；獲得國傢發明專利授權3項；2016年獲第六屆梁希青年論文奬三等奬。
　　
　　張衛華，女，河北定興人，1977年5月生，博士，教授級高工，碩士生導師，中共黨員。加拿大木材縴維中心訪問學者、瑞典農業大學UPSC訪問學者。廣州市林業中級職稱評審專傢，廣東省農村科技特派員和廣東農村信息直通車工程信息員。廣東省林業科學研究院森林培育研究所所長。《核農學報》《林業與環境科學》等期刊審稿人。研究方嚮為林木遺傳育種，林木組織培養。先後主持國傢“十二五”科技支撐計劃子課題、國傢公益性行業專項子專題、國傢林業局“948”項目、廣東省科技創新、中央財政推廣項目、廣東省科技廳項目、國傢外專局項目等閤計9項，主要參加國傢林業公益性行業專項、國傢科技支撐、省林業局項目20餘項。獲廣東省科學技術二等奬2項、廣東省農業技術推廣二等奬1項、廣東省農業技術推廣一等奬1項，廣東省林業局鑒定成果3項，國傢林業局認定成果4項，授權發明專利2項，認定良種5個，頒布地方標準1項，發錶科技論文42篇。
　　
　　郭海男，陝西府榖人，1978年8月生，碩士，高級工程師。荷蘭瓦赫寜根大學訪問學者。供職於水利部水土保持植物開發管理中心（高原聖果沙棘製品有限公司）。主要從事水土保持植被建設和生態工程、水土保持植物開發與推廣、沙棘良種培育與種植、沙棘産品加工開發與科研、植物生理、生化、生物技術與基因技術研究、礦區生態修復等相關工作。大連民族大學外聘碩士生導師，全國水土保持青年科技奬獲得者。主持或參與40多項國傢、省部級、歐盟和聯閤國科研項目。參編專著5本，主筆編寫中英文沙棘培訓教材10本，公開發錶論文50多篇。

內頁插圖

目錄

Preface
序
前言
第1章 R簡介
1．1 R語言
1．2 R的特點
1．3 R的資源
1．4 R的安裝與運行
1．4．1 R軟件的安裝、啓動與關閉
1．4．2 R程序包的安裝與使用
1．5 RStudio的安裝與運行
1．6 R與RStudio的更新
1．6．1 R的更新
1．6．2 RStudio的更新
1．7 R的學習方法

第2章 基礎語法
2．1 對象與變量
2．1．1 變量的創建與刪除
2．1．2 變量的重命名
2．2 運算符
2．3 錶達式
2．4 特殊值
2．4．1 缺失值
2．4．2 NaN
2．4．3 Inf和-Inf
2．4．4 NULL
2．5 控製結構
2．5．1 條件語句
2．5．2 循環語句
2．6 自編函數

第3章 數據創建
3．1 數據的創建
3．1．1 嚮量
3．1．2 數組
3．1．3 矩陣
3．1．4 數據框
3．1．5 列錶
3．1．6 因子
3．1．7 字符串
3．1．8 日期
3．2 對象的模式和屬性
3．2．1 固有屬性
3．2．2 屬性的獲取
3．2．3 對象的類彆
3．3 數據的輸入
3．3．1 鍵盤輸入
3．3．2 使用scan（ ）函數
3．3．3 使用read．table（ ）函數
3．3．4 使用read．csv（ ）函數
3．3．5 導入Excel數據
3．3．6 導入SAS數據
3．3．7 導入SPSS數據
3．3．8 其他方式導入
3．4 數據的存儲

第4章 數據管理
4．1 數據轉換
4．2 數據排序
4．3 數據閤並
4．3．1 列閤並
4．3．2 行閤並
4．4 子集提取
4．4．1 根據位置選取子集
4．4．2 根據列名選取子集
……

第5章 基礎統計
第6章 高級統計
第7章 試驗設計
第8章 基礎繪圖
第9章 高級繪圖
第10章 遺傳評估
第11章 程序包開發

參考文獻
索引
網絡資源

前言/序言

　　近些年國內R語言會議的參加人數變化即可看齣R語言在國內日趨熱門，2012年約為400人，2013年約為600人，2014年約為1400人，2015年達到4200人，據統計2016年參會人員將突破l萬人，儼然是國內規模較大的專題會議之一。R語言會議地點也從最早的北京，到上海、深圳、廣州，慢慢拓展到各省會城市。R語言現已滲透在國內的生態、金融、統計、互聯網、醫療和農林牧漁等行業，且在大數據、生物信息學以及人工智能等領域大展身手。正如筆者在《R與ASReml-R統計分析教程》前言中所寫的“R語言在數據挖掘和可視化應用領域的快速崛起意味著R語言已經為大數據時代做好準備”，從R語言在國內的應用領域來看，已然得到佐證。
　　大約3年以前，筆者組織編寫瞭農林領域第一部有關R與ASReml-R軟件的“十二五”規劃教材-《R與ASReml-R統計分析教程》，該教材在業界內獲得一定的好評。但正如R語言的迅猛發展一樣，該教材的匹配的章節不夠齊全、部分內容亟需更新，加之近年來比較熱門的基因組選擇，上述原因正是編寫本書的動力所在。
　　與筆者編寫的第一部農林領域教材一樣，對閱讀本書的讀者，沒有統計編程或R語言背景的要求，當然讀者如有R語言基礎知識將會更好地理解、掌握本書的知識點。本書結構已完全不同於《R與ASReml-R統計分析教程》教材，在本書中，總共包含11章，且每章都附有思考題。
　　本書的第1-3章介紹R語言、基礎語法和數據創建，讓讀者對R語言有一些直觀的概念，瞭解R及其語法的特點，熟悉R中數據類型及其創建，這些對於後續的數據管理、統計分析以及圖形繪製等操作是必需的。
　　第4章介紹瞭數據管理的各種操作，包括數據轉換、排序、閤並、重構、分段、匯總、查重以及子集提前，重點介紹瞭數據綜閤處理包dplyr包和data.table包的用法。熟練掌握數據管理的各種操作對於統計分析和圖形繪製非常重要。.第5、6章較全麵介紹瞭R的基礎統計和高級統計，其中基礎統計包括描述性統計、頻數錶分析、方差分析、協方差分析、t檢驗、卡方檢驗、綫性迴歸、相關分析和通徑分析，高級統計包括廣義綫性模型、生長模型、生存分析、主成分分析、因子分析、聚類分析、判彆分析、功效分析、重抽樣和綜閤評價分析。
　　第7章專門介紹瞭R的試驗設計和數據分析，設計類型包括完全隨機設計、隨機區組設計、平衡不完全區組設計、拉丁方設計、正交設計、裂區設計、巢式設計、析因設計、循環設計、格子設計、α設計和條區設計，並介紹瞭各種設計的基本概念、R齣設計錶以及數據分析的過程。
　　第8章介紹瞭R的基礎繪圖，包括條形圖、直方圖、散點圖、熱圖、散點圖矩陣等常見圖形，並介紹瞭繪圖參數的設置，以及數學公式、文本的添加。此外，還展示瞭交互圖形的繪製。
　　第9章重點演示瞭R包lattcie和ggplot2的高級繪圖，其中lattcie包繪圖包括基礎語法、單變量繪圖、雙變量繪圖、多變量繪圖以及高級繪圖參數的設置，ggplot2包繪圖包括基礎語法、各種圖形繪製以及高級繪圖參數的設置。本章節是R繪圖優勢和強大功能的展現。
　　第10章介紹瞭R包在遺傳評估上的應用，重點介紹瞭MCMCglmm包和ASReml-R包。尤其是ASReml-R包，作為商業軟件包，已廣泛應用於農林牧漁、生態等各行業。在本章節中，特彆演示瞭ASReml-R包在單性狀模型、雙性狀模型、模型比較、閾性狀模型、泊鬆分布型模型、協變量模型以及批量分析的基礎用法，也拓展瞭遺傳參數評估（遺傳力、育種值、遺傳相關與遺傳增益）的各種類型，包括子代測定、無性係測定、空間分析（規則與不規則）、多地點GxE分析、多年份分析、多交配分析、多世代分析以及基因組選擇。本章節對於動植物遺傳試驗的數據分析具有較重要的參考價值。
　　第11章介紹瞭windows係統下的R包開發，包括所需軟件、函數編寫及R包製作，並專門演示瞭筆者自編程序包AAfun的一些功能。本章的目的是讓讀者瞭解R包的開發流程，希望有更多的R讀者加入到程序包的開發中，更好、更快地促進R在各領域中的應用。
　　附錄部分給齣瞭索引、網絡資源，便於讀者進一步查詢或學習R語言的相關知識。與之前那部教材一樣，本書繼續秉著R開源免費的精神，將本書中所有的數據、代碼和彩圖存放於網盤http：//yzhlin-asreml.ys168.com/，供讀者免費下載、自由使用。
　　最後，筆者要衷心感謝美國北卡羅來納州立大學的FikretIsik教授，Isik教授是國際知名的遺傳統計學傢，感謝他百忙之中欣然為本書作序。此外，也要特彆感謝瑞典農業大學的閤作導師HarryWu教授以及ASReml的軟件開發者Arthur Gilmour，他們對於我在R與ASReml-R的學習路程上起著不可磨滅的推動作用。
　　本書由廣東省高水平大學經費（4400-216202）資助齣版，特此謝忱！
　　由於編者的知識水平有限，書中難免會有疏漏和不足，懇請廣大讀者批評指正。如對本書有任何建議或意見，請發送郵件到yzhlinscau@163.com。
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