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内容简介

　　本书共六章，第1章介绍生物信息学使用环境搭建，主要介绍Linux的发行版、安装、基本配置及远程访问工具；第二章介绍生物信息学分析中主要用到的基本Linux命令，并使用生物信息数据进行实例操作；第三章介绍生物信息学的基本序列比对，包括BLAST比对、BLAT比对及ClustalW多序列比对等；第四章和第五章介绍目前生物信息学研究领域的热点——高通量数据分析方法，包括基因芯片分析和RNA-seq分析；第六章介绍蛋白质结构预测的基本方法。全书内容介绍由浅人深，重视对生物信息学实践能力的培养，通过生物信息学工具和方法来分析具体的生物信息学数据，从而使读者逐步打开生物信息学的大门。
　　本书特别适合刚刚涉人生物信息学研究的初学者，同时也适合对生物信息学感兴趣的研究生参考使用。

内页插图

目录

第一章 生物信息学使用环境搭建
第一节 Linux系统简介
一、免费获取
二、跨平台的硬件支持
三、丰富的软件支持
四、多用户多任务
五、可靠的安全性
六、良好的稳定性
七、完善的网络功能
第二节 Linux操作系统安装及基本配置
一、Linux发行版介绍
二、Linux操作系统的安装
三、Windows XP系统与Fedora 18共存
四、Llnux下的远程访问配置
五、远程访问工具使用
六、Cygwin工具的使用
七、WinSCP
八、使用SCP终端命令在Windows和Linux之间传输文件

第二章 Linux与生物信息学
第一节 Linux文件系统介绍
第二节 Linux基本命令介绍
一、绝对基本命令
二、文件和目录操作命令
第三节 Linux环境下Vi编辑器的使用
一、启动Vi编辑器
二、几种模式切换
三、编辑相关命令
四、查找和替换命令
第四节 Shell编程基础

第三章 基因序列比对
第一节 BLAST比对
一、BLAST介绍
二、BL，AST程序介绍
三、BLAST程序安装
第二节 BLAT比对
一、BLAT介绍
二、下载BLAT
三、编译安装BLAT
四、运行BLAT
五、BLAT运行实例
六、在线运行BLAT
第三节 Clustal W多序列比对
一、简介
二、下载Clustal W
三、安装Clustal W
四、运行Clustal W程序
五、命令方式运行Clustal W
六、在线方式运行Clustal W

第四章 基因芯片分析
第一节 引言
第二节 DNA微阵列分析
一、DNA微阵列实验介绍
二、解释微阵列数据
三、对微阵列数据进行处理
四、对微阵列数据进行相似陛分析
五、对DNA微阵列数据进行聚类分析
六、自组织映射
七、对DNA微阵列数据进行差异表达分析
八、DNA微阵列数据分析相关工具

第五章 RNA-seq分析
第一节 引言
第二节 分析流程
一、数据准备
二、软件准备
三、RNA-seq分析过程

第六章 蛋白质结构预测
第一节 概论
第二节 从头预测法
第三节 反向折叠方法
一、折叠数据库的准备
二、建立合适的势函数
三、折叠模式的确定
四、蛋白最终模型的建立
第四节 同源建模
一、同源参考蛋白的搜索
二、结构保守区域的确定
三、序列比对
四、模型搭建
五、模型的优化与评估
六、同源建模的应用和展望
第五节 蛋白结构预测中常用的网站

前言/序言

　　随着人类基因组测序的完成，大量的高通量数据（包括基因芯片数据和二代测序数据）涌现，越来越多的人类基因组数据得到解读，为临床诊断各种疾病提供了强有力的支撑。由此可以看出生物信息学学科的重要性及发展潜力，但同时这门课程是一门交叉学科，只有具备计算机科学、数学、统计学、生物化学等综合知识才能进行生物信息学数据挖掘。编者在高校从事各个层次学生的生物信息学课程教学，从而更能理解学生对这门课程的渴求和极大兴趣，但同时又碍于无从着手，对实际问题缺乏分析解决能力的现状。
　　为此，编写本书力争从基本的概念着手，包括Linux操作系统的安装及主要命令使用、基因序列比对、基因芯片分析、RNA-seq分析和蛋白质结构分析等。每章都配备有具体的操作案例和代码，每个步骤讲解详细，由浅入深，使初学生物信息学的读者能很快上手，并逐步掌握各种生物信息学分析软件的使用，最后达到对具体的生物信息学数据进行分析挖掘的目的。本书的一大特色是案例丰富，注重实践能力的培养，并附有大量的分析数据和源代码。本书的编写得到了重庆医科大学基础医学院管理部门的大力支持，以及各编写人员的大力配合，在此表示衷心的感谢。本书可供初学生物信息学人员使用，也可供与生物信息学结合紧密的学科人员参考，同时也可作为生物信息学培训课程教学使用。由于编者能力有限和时间仓促，书中不足之处在所难免，敬请读者批评指正。
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