真菌基因組學-(原著第二版) pdf epub mobi txt 電子書 下載 2025

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M諾魯申 著

圖書標籤:

• 真菌基因組學
• 基因組學
• 真菌
• 生物信息學
• 分子生物學
• 遺傳學
• 測序
• 基因組分析
• 生物技術
• 原著第二版

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齣版社： 化學工業齣版社

ISBN：9787122304568

商品編碼：24079322437

齣版時間：2018-01-01

基本信息

商品名稱： 真菌基因組學-(原著第二版)	齣版社： 化學工業齣版社	齣版時間：2018-01-01
作者：M.諾魯申	譯者：秦玉琪	開本： 32開
定價： 118.00	頁數：	印次： 1
ISBN號：9787122304568	商品類型：圖書	版次： 1

編輯推薦

《真菌基因組學》(原著第二版)是Springer齣版的經典係列著作“The Mycota”中的第13捲，全書由國際上知名學者編撰，國內微生物學領域一綫專傢精心翻譯。全書聚焦於近年來成為研究熱點的真菌——釀酒酵母、絲狀真菌的模式菌粗糙脈胞菌、重要的工業真菌裏氏木黴，以及動植物緻病菌鐮刀菌、白色念珠菌等，係統描述其基因組學研究進展，以及應用基因組學數據進行真菌遺傳學、工業技術及緻病機理方麵的研究。本書對於從事真菌係統研究者來說是重要的文獻資料。

內容提要

真菌作為生物界一個古老而重大的類群，在農業微生物、工業微生物以及醫學微生物研究中占有重要地位。《真菌基因組學》（原著第二版）嚮讀者介紹瞭多種真菌，包括單細胞真菌釀酒酵母、絲狀真菌的模式菌粗糙脈胞菌、重要的工業真菌裏氏木黴，以及動植物緻病菌鐮刀菌、白色念珠菌等的基因組學研究的*新進展，並以此延伸，對基因組學數據在真菌遺傳學研究、工業技術、緻病機理解析等方麵的應用做瞭闡釋。本書寬廣的覆蓋麵、對*新研究結果的詳細闡述，使得本書內容深入且極富使用價值。 本書可供微生物學、生物工程、生化工程、醫學基礎和藥學等領域的研究人員與企業技術人員參考。

目錄

第1部分 基因組測序及外延 1 第1章 以酵母菌為模式菌株對復雜疾病的係統生物學研究 2 Ⅰ．引言 2 Ⅱ．以酵母菌為模式菌株的係統生物學研究以解析復雜疾病的基本機理與網絡 4 A. 酵母作為研究真核生物和人類疾病的模型 4 1. 酵母作為研究真核生物和係統生物學的模型 4 2. 酵母作為研究人類疾病分子係統生物學的模型 5 B. 復雜疾病係統的生物學基本機理與網絡的綜閤研究：典型病例和應用——酵母新模型 12 1. 多因子復雜疾病 12 2. 目標、實驗係統、設計、數據分析整閤策略 13 3. 酵母係統生物學研究復雜疾病的基本網絡：典型病例和應用——從酵母到人類的新的疾病模型 14 Ⅲ．小結 18 參考文獻 19 第2章 真菌基本譜係的基因組學研究：係統發育基因組學研究顯示具有共同起源 28 Ⅰ．引言 28 A. 前基因組時代的知識積纍：我們知道多少種真菌？ 28 B. 基因組時代的*新狀態：取得什麼成果？ 29 Ⅱ．真菌基本譜係的進化：係統發育基因組角度的相關研究 32 A. 水生的運動孢子（遊動孢子）真菌 33 1. 芽枝黴門 33 2. 壺菌門 34 3. 新美鞭菌門 35 B. 陸生的不動孢子真菌 36 1. 毛黴門 37 2. 被孢黴門 41 3. 蟲黴菌門 41 4. 球囊菌門 42 C. 與真菌具有共同祖先的其它微生物 42 1. 隱真菌門（羅茲壺菌目）：異水黴羅茲壺菌 42 2. 微孢子蟲 44 3. 核形蟲目-Fonticula類群：簡單核形蟲和Fonticula alba 44 4. 中黏菌門（魚孢黴菌科） 45 Ⅲ．真菌基本譜係的進化：係統發育基因組的相關研究 45 Ⅳ．基本真菌的基因組的主要特徵 46 A. 全基因組復製 46 B. 基因復製、串聯重復 47 Ⅴ．小結 48 參考文獻 48 第3章 真菌係統發育基因組學研究 55 Ⅰ．引言 55 Ⅱ．確定跨越基因組的基因：直係同源和旁係同源 55 Ⅲ．係統發育基因組學方法重構物種進化樹 56 A. 進化背景下基因組學 56 B. 構建真菌進化樹 57 Ⅳ．關注基因傢族曆史：從基因組到係統發育組學 60 Ⅴ．真菌進化過程的研究 61 A. 基因傢族的擴增與全基因組復製 61 B. 水平基因轉移 63 C. 真菌砷酸鹽代謝中的水平基因轉移 64 Ⅵ．比較分析認識真菌生物學 65 Ⅶ．基於比較基因組的蛋白質功能預測 66 Ⅷ．小結 66 參考文獻 67 第4章 基因組數據驅動菌種保藏的發展 72 Ⅰ．引言 72 Ⅱ．菌種保藏中心 72 A. 菌種保藏中心認證 73 B. 生物多樣性公約 75 Ⅲ．真菌全基因組分析 76 A. 參考基因組序列 76 B. 同物種多分離菌株的測序 78 C. 後基因組時代的菌株等效性 83 Ⅳ．基因組技術對菌種保藏中心的影響 84 A. 基因本體論驅動的菌種保藏中心目錄 84 B. 重測序的等位基因目錄 84 Ⅴ．小結 85 參考文獻 86 第2部分 細胞和發育生物學 89 第5章 真菌染色質及其對基因錶達的調控作用 90 Ⅰ．引言 90 Ⅱ．染色質結構的調控：並非所有的修飾都是“錶觀遺傳”調控 91 Ⅲ．染色質結構單元：絲狀真菌中的組蛋白組分 93 Ⅳ．參與組蛋白修飾的蛋白 98 Ⅴ．異染色質形成的控製 98 Ⅵ．絲狀真菌中的兼性異染色質 100 Ⅶ．小結 103 Ⅷ．真菌基因組和轉錄組的網上資源 103 參考文獻 103 第6章 脈孢菌中的光生物學及生物鍾調控 113 Ⅰ．引言 113 Ⅱ．真菌光生物學 113 A. 真菌為什麼要感光？ 113 B. 真菌光受體：生物化學與分布 114 1. 基於黃素的藍光受體 114 2. 紅光敏感的光敏色素 118 3. 視紫紅質和視紫蛋白相關蛋白 118 4. 小結 119 C. 粗糙脈孢菌的光生物學 119 1. 脈孢菌的光響應 119 2. 白領復閤物信號轉導的分子基礎 119 3. 白領復閤物受蛋白激酶及VVD作用的負調控 120 4．脈孢菌中的其它光受體：僅需要LOV？ 121 D. 麯黴屬的光響應 122 1. 構巢麯黴的光響應 122 2. WCC和光敏色素之間在遺傳學和物理學上的相互作用 123 3. 構巢麯黴中CryA的功能為CPD光裂閤酶和光敏感的隱花色素 123 4. 小結 123 E. 總結 124 Ⅲ．晝夜節律和真菌 124 A. 什麼是晝夜節律？ 124 B. 追蹤脈孢菌的晝夜節律 125 C. 其它真菌中生物鍾的保守性 126 D. 生物鍾振蕩器的分子機製 126 E. 核心時鍾組件 128 1. 負調控組件：FRQ和FRH 128 2. 正調控：“白領”復閤物 131 F. 時鍾輸入和輸齣 131 1. 輸入 131 2. 輸齣 132 G. 脈孢菌的分子優勢 132 參考文獻 133 第7章 子實體發育的基因組學和轉錄組學研究 139 Ⅰ．引言 139 Ⅱ．從基因組到功能 140 A. “無性”真菌的有性發育 140 B. 大規模基因敲除的研究 141 C. 基因組測序發現突變 141 Ⅲ．轉錄組學：基因組學的應用 142 A. 轉錄組學確定發育過程中的基因錶達圖譜 144 1. 不同發育階段的轉錄組學 144 2. 比較轉錄組學鑒彆進化上保守基因的錶達模式 145 B. 利用轉錄組學鑒定發育相關基因和突變 147 1．轉錄組學分析交配型依賴的基因錶達 147 2. 光受體突變體的轉錄組學分析 149 3. 其它發育相關突變體的轉錄組學分析 150 C. 子實體發育階段差異錶達基因的詳細分析 151 Ⅳ．其它“組學”方法 152 Ⅴ．小結 153 參考文獻 153 第3部分 生物技術相關的基因組學 161 第8章 真菌對植物生物質的降解與修飾 162 Ⅰ．前言 162 A. 植物生物質的組成 162 B. 縴維素 162 C. 半縴維素 163 1. 木聚糖 163 2. 木葡聚糖 163 3. 半乳甘露聚糖 165 D. 果膠 165 1. 同聚半乳糖醛酸和木糖基聚半乳糖醛酸 165 2. 鼠李糖聚半乳糖醛酸Ⅰ和鼠李糖聚半乳糖醛酸Ⅱ 165 E. 木質素 166 Ⅱ．子囊菌産生的植物生物質修飾酶 168 A. 子囊菌基因組研究現狀 168 B. 腐生真菌、人類病原真菌、植物病原真菌以及酵母的比較 170 C. 子囊真菌降解植物生物質的轉錄組與蛋白質組研究 172 D. 植物生物質相關基因的錶達調控 174 Ⅲ．擔子菌産生的植物生物質修飾酶 174 A. 擔子菌基因組研究現狀 174 B. 擔子菌中參與木質素修飾的酶類 175 1. Ⅱ型血紅素過氧化物酶類 175 2. 多銅氧化酶類 178 3. 産H2O2的氧化還原酶類 179 4. P450單加氧酶類 180 5. 縴維素氧化酶類 180 6. 草酸分解酶類 181 C. 白腐真菌和褐腐真菌的比較 182 D. 擔子菌降解植物生物質的轉錄組和蛋白質組分析 182 Ⅳ．小結 184 參考文獻 185 第9章 工業絲狀真菌的轉錄組學研究：調控、生理及應用的新視角 197 Ⅰ．引言 197 Ⅱ．轉錄組學分析的實驗設計 198 A. 轉錄譜平颱 198 B. 真菌培養方法 201 Ⅲ．作為産酶細胞工廠的絲狀真菌 206 A. 分泌壓力 206 B. 蛋白水解 208 C. 菌絲異質性 208 Ⅳ．作為植物生物質降解者的絲狀真菌 208 Ⅴ．絲狀真菌作為宿主産生代謝物 210 A. 初級代謝物 210 B. 次級代謝物 211 Ⅵ．真菌的形態學與生産能力 212 Ⅶ．未來新進展 213 參考文獻 213 第10章 木黴屬生防菌種和工業産酶菌種的基因組分析 220 Ⅰ．引言 220 Ⅱ．木黴屬基因組及其特徵 221 A. 一般特徵 221 B. 基因傢族

好的，這是一本關於分子生物學前沿領域的圖書簡介，聚焦於蛋白質結構解析與功能調控，旨在為生命科學研究人員、高級本科生及研究生提供深入的理論基礎和實踐指導。 --- 《蛋白質組學：結構、相互作用與信號轉導》 前言：生命機器的精密藍圖 生命活動的一切奇跡，從物質代謝到信息傳遞，核心驅動力在於蛋白質。它們是執行細胞功能的主力軍，其精確的三維結構決定瞭它們如何高效地催化反應、如何識彆和結閤其他分子，以及如何構建復雜的分子機器。隨著高通量測序技術的普及，我們已經能夠快速獲得海量基因組和轉錄組數據，但理解這些信息如何轉化為具有功能的細胞實體——蛋白質組，仍然是當前生物學研究中最具挑戰性和迴報的領域。《蛋白質組學：結構、相互作用與信號轉導》正是為填補這一知識鴻溝而精心編撰的。 本書並非對既有知識的簡單羅列，而是深度剖析瞭蛋白質科學研究的前沿技術、核心理論框架以及當前尚未解決的關鍵問題。它將引導讀者超越基因的層麵，直接麵對分子功能實現的層麵，理解蛋白質是如何在動態、復雜的細胞環境中被製造、修飾、摺疊、組裝並最終執行其生物學使命的。 第一部分：蛋白質結構的精妙構建與解析 本部分奠定瞭理解蛋白質功能的基礎——結構。 第一章：蛋白質一級結構與進化的製約 本章深入探討瞭氨基酸序列（一級結構）如何編碼摺疊信息，並引入結構決定功能的原理。我們將詳細解析進化保守性分析在預測功能關鍵殘基和結構域中的應用。重點討論非經典編碼氨基酸在特定蛋白質傢族中的齣現及其對穩定性的影響，並引入同源建模的局限性與最新改進策略。 第二章：高級結構解析的革命性進展 本章著重介紹冷凍電鏡（Cryo-EM）技術在解析大分子復閤物結構方麵的突破性進展。我們將詳細闡述樣本製備、數據采集、圖像處理與三維重建的復雜流程，並對比分析高分辨率X射綫晶體學與Cryo-EM在解決膜蛋白及柔性分子結構方麵的優劣。此外，核磁共振波譜（NMR）在研究溶液中低豐度或快速交換狀態蛋白質中的獨特價值也將被深入探討。 第三章：摺疊的動力學與錯誤摺疊的後果 蛋白質摺疊是一個跨越能量勢壘的復雜過程。本章聚焦於摺疊伴侶蛋白（Chaperones）網絡的工作機製，解析它們如何輔助新生肽鏈正確摺疊，並討論摺疊中間體的鑒定方法。一個關鍵的關注點是蛋白質穩態（Proteostasis）網絡，包括其監控機製和應對錯誤摺疊蛋白的質量控製通路，並將其與神經退行性疾病中的澱粉樣沉積現象聯係起來。 第二部分：分子相互作用與組裝的調控藝術 蛋白質很少單獨工作，它們的生命意義在於相互作用和組裝成功能性復閤物。 第四章：高親和力結閤的物理化學基礎 本章係統梳理瞭分子識彆的原理，從靜電相互作用、疏水效應到氫鍵網絡。重點討論結閤自由能景觀的構建，以及如何利用錶麵等離子共振（SPR）和生物層乾涉測量（BLI）等技術，精確量化相互作用的動力學參數（$k_{on}, k_{off}, K_D$）。 第五章：蛋白質-蛋白質相互作用組（PPI Map）的繪製 理解細胞信號傳導的復雜性，關鍵在於解析PPI網絡。本章詳細介紹瞭酵母雙雜交（Y2H）、親和純化-質譜聯用（AP-MS）等經典方法的優化和局限性。此外，我們還將探討基於人工智能的蛋白質對接（Docking）算法，特彆是針對柔性配體和界麵重構的最新進展，以及如何通過交叉鏈接質譜（Cross-linking MS）來驗證接近度信息。 第四章：結構域驅動的模塊化組裝 許多蛋白質通過包含可識彆的結構域（Domains）來進行模塊化連接。本章重點剖析SH2/SH3、PDZ等關鍵信號轉導結構域的識彆模式。我們將分析綫性模體（Linear Motifs, LiMs）在蛋白質組裝中的“即插即用”作用，並討論如何通過突變這些模體來精確擾亂特定的信號通路。 第三部分：蛋白質的動態修飾與信號通路 蛋白質並非靜態實體，它們持續地被環境信號激活、失活或重新定位。 第七章：翻譯後修飾（PTMs）的生物化學與信號意義 PTMs是蛋白質功能調控的“開關”。本章提供一個全麵而深入的PTMs圖譜，重點關注磷酸化、泛素化、乙酰化和甲基化。我們將深入探討激酶/磷酸酶的級聯反應如何放大和傳播信號，以及泛素連接酶（E3 Ligases）如何決定靶蛋白的命運（降解、定位或激活）。 第八章：新興的定量蛋白質組學技術 要理解信號轉導，必須能夠定量。本章聚焦於TMT/iTRAQ多重標記在比較蛋白質錶達水平中的應用。更重要的是，我們將介紹靶嚮蛋白質組學（SRM/PRM）在分析特定信號通路中關鍵蛋白的絕對定量中的優勢，以及空間蛋白質組學如何將分子信息定位到組織切片上的最新技術突破。 第九章：膜蛋白的結構與藥物靶點開發 膜蛋白，尤其是G蛋白偶聯受體（GPCRs）和離子通道，是超過一半上市藥物的作用靶點。本章專門探討膜蛋白的穩定化、純化和結構解析麵臨的巨大挑戰。我們將討論納米盤（Nanodiscs）和脂質體係統在模擬天然膜環境中的應用，並結閤結構信息指導結構導嚮的藥物設計（SBDD）策略，以剋服傳統篩選的局限性。 結語：麵嚮未來的挑戰 《蛋白質組學：結構、相互作用與信號轉導》的最終目標，是培養讀者運用多學科工具解決復雜生物學問題的能力。當前，整閤單細胞分辨率的數據、揭示細胞器間通訊的機製，以及利用人工智能預測動態結構變化，是蛋白質組學領域亟待攻剋的堡壘。本書提供的堅實理論基礎和前沿技術視角，將為下一代生命科學傢指明方嚮。 --- 適用讀者： 分子生物學、生物化學、生物物理學高級研究生及博士後研究人員。 緻力於藥物研發、生物技術開發的一綫科研人員。 需要深入理解蛋白質功能與疾病機理的臨床研究學者。 本書特色： 1. 深度融閤理論與技術： 每一個概念的講解都緊密聯係其背後的實驗方法。 2. 側重前沿方法學： 重點介紹瞭Cryo-EM、高分辨率質譜、空間蛋白質組學等最新工具的應用。 3. 聚焦動態調控： 強調蛋白質如何隨時間、信號和環境變化而快速適應。

評分☆☆☆☆☆

評價五 我必須稱贊這本書的索引和附錄部分的處理，這纔是真正體現其工具書價值的地方。對於需要經常進行交叉引用和背景資料快速檢索的讀者來說，一個設計拙劣的索引簡直是災難，但這本書在這方麵做得近乎完美。索引的粒度非常精細，不僅涵蓋瞭主要術語，甚至連那些在正文中隻齣現過一次的關鍵蛋白質名稱也赫然在列，而且頁碼標注極其準確。更妙的是，附錄部分的內容選擇極其貼閤實際應用需求，它不僅僅是堆砌一些基礎公式，而是包含瞭大量實用的計算方法、常用數據分析軟件的操作流程簡介，甚至還有一些資源數據庫的網址和訪問指南。這讓我感覺到，這本書不僅僅是一本理論書籍，它更像是一個集成化的工作站手冊，可以直接伴隨我進入實驗或數據分析環節。這種超越理論傳授的實用主義導嚮，讓它在眾多同類書籍中脫穎而齣，成為瞭我案頭不可或缺的實戰寶典。

評分☆☆☆☆☆

評價一 這本書的裝幀設計簡直是藝術品，拿到手裏沉甸甸的，那種厚實感和精良的印刷質量，讓人對裏麵的內容充滿瞭期待。封麵采用瞭深沉的墨綠色調，配上那種細膩的紋理，一下子就營造齣一種專業而神秘的氛圍。我特彆喜歡它在細節處理上的用心，比如書脊的燙金字體，在燈光下熠熠生輝，顯得非常高檔。打開內頁，紙張的質感也相當不錯，不是那種容易反光的劣質紙，閱讀起來眼睛非常舒適，即便是長時間盯著那些密集的圖錶和文字，也不會感到疲勞。而且，這本書的裝訂非常牢固，我可以放心地將它完全攤開平放在桌麵上，不用擔心書頁會脫落或者閤攏，這對於需要頻繁查閱和做筆記的讀者來說，簡直是一個福音。從這本書的整體硬件配置來看，它絕對是書架上的一顆璀璨明珠，光是擺在那裏，就能感受到齣版方在製作上投入的巨大心血。這種對實體書品質的堅持，在如今這個數字閱讀盛行的年代，顯得尤為珍貴，讓人願意花時間去珍藏和細細品味。

評分☆☆☆☆☆

評價四 這本書的語言風格真是令人耳目一新，它完全打破瞭我對傳統學術書籍那種刻闆、冷漠的印象。作者在保持學術嚴謹性的前提下，巧妙地融入瞭一種近乎於講故事的敘述方式，讓原本枯燥的基因調控機製，讀起來充滿瞭生命力和趣味性。我感覺自己像是在跟隨一位經驗豐富的導師，在實驗室裏進行一次漫長的實地考察，他會用最生動、最貼近實際操作的語言來解釋那些復雜的分子交互作用。例如，在描述某個關鍵酶的功能時，作者用瞭一個非常形象的比喻，瞬間就讓那個抽象的概念變得具體可感，我甚至能“想象”齣那個生化反應在細胞內發生的場景。這種富有溫度和人情味的文字處理，極大地降低瞭讀者的心理門檻，使得那些原本隻會齣現在高階研討會上的話題，變得平易近人。它成功地在“深度”和“可讀性”之間找到瞭一個近乎完美的平衡點，這絕對是專業寫作領域裏高超的技藝展現。

評分☆☆☆☆☆

評價二 這本書的排版邏輯簡直是教科書級彆的示範，我作為一個非專業人士，初次接觸這方麵內容時，最擔心的就是那些復雜的科學術語和數據會讓我望而卻步，但作者在這方麵做得極其齣色。他們似乎有一種魔力，能夠將深奧晦澀的原理，拆解成一係列清晰、易於理解的邏輯步驟。章節的過渡非常自然流暢，每一個小節都像是一塊塊精心打磨的拼圖，最終拼湊齣一個宏大的知識體係。我尤其欣賞它在圖文結閤上的把握，那些示意圖和流程圖，不是簡單地堆砌在文字旁邊，而是經過深思熟慮地布局，完美地解釋瞭文本中難以描述的結構或過程。我發現自己閱讀起來的效率比以往任何同類書籍都要高，很少需要來迴翻頁去尋找上下文的關聯。這種清晰度不僅僅是針對入門者，對於資深研究人員來說，它提供的精煉總結和歸納，也是快速迴顧和檢索關鍵信息的強大工具。可以說，這本書的內部架構設計，是對讀者時間成本的尊重，也是對知識傳遞效率的極緻追求。

評分☆☆☆☆☆

評價三 這本書帶給我的最大驚喜，在於它那份對前沿動態的敏銳捕捉能力。作為一部學術專著，它顯然不是簡單地對已有知識進行復製粘貼，而是傾注瞭大量精力去追蹤近幾年領域內最具突破性的發現和技術迭代。我注意到其中好幾處引用和案例分析，明顯是基於近兩三年纔發錶的頂尖期刊成果，這在同類書籍中是相當罕見的。這錶明編撰團隊具有極強的學術敏感度和信息篩選能力，確保瞭內容的時效性和權威性。我曾試著去對照一些熱門的學術論壇和研討會上的討論熱點，發現書中的論述恰好踩在瞭那些爭議點或新興方嚮的關鍵節點上，這讓我感覺自己手中的這本書仿佛擁有瞭“預見性”。對於任何希望跟上領域最新發展步伐的研究者而言，這樣一本緊跟時代脈搏的參考書，其價值是無可估量的，它不僅僅是知識的記錄者，更是未來研究方嚮的引領者。