産品特色
編輯推薦
適讀人群 :本書既有對實驗方案的詳細描述,又有對各種實驗方案的原理解釋和分析探討,具有操作規範、要點突齣、分析透徹、可行性強的特點,是一本非常實用的蛋白質純化技術工具書。本書既可供從事蛋白質科學研究的科技工作者和研究生作為實驗操作指南,也可供生命科學其他領域的研究者作為參考用書。 《蛋白質純化指南》的第一版在二十年前齣版,一直被廣泛用來指導學生和研究人員純化、鑒定、處理蛋白質和酶。這一新版本修改和更新瞭內容,但仍然延續瞭本書的傳統,呈現清晰、易於遵循的方式,使專傢和新手科學傢都可以成功地掌握實驗室的前沿技術和經典方法。
內容簡介
蛋白質生物化學仍是現代生物學研究的重要部分。隨著基因組測序的深入進行,多數物種的基因組序列已知,有益於基因剋隆、蛋白質閤成及蛋白質性質、結構和功能的研究。同時重組蛋白質異源錶達技術的迅速發展,使人們更容易閤成所需要的蛋白質。但是蛋白質閤成以後還需純化和研究其特性,特彆是蛋白質編碼基因未知的情況下,這一點尤為重要。
作者簡介
Richard R. Burgess,美國威斯康星州,威斯康星大學麥迪遜分校,McArdle癌癥研究實驗室;Murray P. Deutscher,美國佛羅裏達州,邁阿密大學醫學院,生物化學和分子生物學係。
目錄
前言
撰稿人
第1章 序言
第1章 為什麼要純化酶?
第1部 分製定純化流程
第2章 蛋白質純化的策略與考慮因素
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2�鋇鞍字世叢碶n
3�敝票柑崛∥颸n
4�貝笈�量純化步驟
5�貝炕�的精純過程
6�苯崧踈n
參考文獻
第3章 生物信息學在蛋白質純化設計中的應用
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參考文獻
第4章 準備純化工作簡錶
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3�� SDS�睵AGE對分析主要蛋白質分離組分的價值
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第2部分 操作蛋白質和酶的常規方法
第5章 建立一個實驗室
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第6章 緩衝液:原理和實踐
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參考文獻
第7章 酶活性的測定
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參考文獻
第8章 蛋白質定量
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精彩書摘
第1章 序言
懷著極大的敬意,我們在第二版將本書第一版完整的第1章,由已故的Arthur Kornberg所著的“為什麼要純化酶”重印。Arthur是20世紀生物化學領域的一位巨匠,他的強項就是酶學——在閱讀本章節時,讀者們將充分領會到個中緣由。Arthur的言語中洋溢著他對於鑒定某種酶的活性,並且將該酶純化至均質(homogeneity)從而可以直接研究其特性的熱情。不過他顯然也清楚地意識到瞭酶的“社會性”(social face),也就是酶類與其他細胞組分的相互作用——由於我們現在進而開始研究細胞組織結構的重要性,酶類的這種“社會性”使其獲得瞭更多的關注。
自這個章節撰寫近20年來,本領域取得瞭很多進展,特彆是當其基因已知時,相應蛋白質的純化變得容易很多。然而,當你在研究某種酶的催化特性時,或在解析某種蛋白質的結構時,或是鑒定可能的調節因子時,“純度,純度,還是純度”的告誡依然是極有意義的。當試圖瞭解一個新近發現的細胞反應中的酶類,或是參與某個細胞過程的蛋白質時,蛋白質的純化依然是頭等重要的事情。因此,不管是第一次讀,還是重讀迴味,Arthur所著的精彩明晰的章節都會讓你有所收獲。
Murray P�� Deutscher
(徐俊傑譯)蛋白質純化指南(原書第二版)第1章為什麼要純化酶?
第1章 為什麼要純化酶?
Arthur Kornberg已故
“不要把你純粹的思想浪費在不純的酶上!”,這是酶學與化學實踐的核心人物Efraim Racker的告誡。這句話隻是想告訴我們,在將感興趣的酶從由其他的酶和物質組成的粗製細胞提取物中分離純化齣來之前,試圖研究該酶是如何催化一種物質轉化為另一種物質通常都是在浪費時間。從破裂的肝髒、酵母或細菌細胞中釋放齣來的上韆種不同酶類的混閤物可能含有一些指導原料進行其他重排反應的酶類和特定酶功能的産物。隻有當我們將酶純化到檢測不到其他酶活性的程度,我們纔能確信,一種單一類型的酶分子僅僅是催化物質A轉化成物質B。隻有這時,我們纔能瞭解這種酶是如何進行反應的。
純化酶的努力所獲得的迴報在Otto Warburg於19世紀30年代發錶的一係列振奮人心的文章中得到瞭闡明。憑藉著齣自他在Berlin�睤ahlem的實驗室的諸多酶純化的方法和準則,呼吸過程和糖酵解過程中的關鍵反應及維生素功能得以闡明。Warburg的貢獻在於他強化瞭經典的酶學方法,該方法始於20世紀之交Eduard Büchner對無細胞條件下蔗糖可轉化為乙醇的偶然發現。科學傢首先通過在無細胞係統中觀察到的現象,追蹤到細胞功能(如酵母中的乙醇發酵、肌肉中的糖酵解、螢火蟲發光或DNA的復製)的分子基礎。然後再通過將細胞提取物分成幾部分並將其純化至單一成分,以分離相應的酶(或多個酶)。接下來,科學傢們希望可以充分瞭解酶的結構,從而可以解釋該酶如何行使催化功能,如何響應調控信號,以及如何與細胞中的其他酶類和結構聯係。
藉助一個近幾十年特彆流行的被稱為“新古典主義”(neoclassical)的反嚮過程,科學傢首先得到一種蛋白質的結構,然後探索其功能。這種蛋白質最好是分子小且穩定的,可以通過分子剋隆擴增,或是可購得商業化産品。通過對該蛋白質及其同源蛋白的深入研究,科學傢們期望能得到其如何行使功能的綫索。隨著“新古典主義”方法越來越受歡迎,人們對傳統的研究路綫(即從功能入手,以分離相應的結構)的興趣也在相應下降。
對於一個能夠在試管中重建一個細胞可做的任何事情的熱誠的生物化學傢而言,對酶純化的發自內心的熱忱就是他的信條。實際上,生物化學傢利用操作介質(pH、離子強度等)的優勢,可通過提高反應物濃度,或是使産物與反應體係分離等方法,更容易進行這些研究。生物化學傢的另一個信條是,所有在細胞中進行的反應都是由酶來催化的。化學傢有時候會覺得這個說法很難接受。
最近,一位審慎而有名的物理化學傢告訴我,我的工作中最吸引他的是DNA的復製居然是由酶來催化的!這讓我想起1953年到聖路易斯時,我在華盛頓大學化學係做的一個報告。當我講述閤成和降解乳清酸的酶時,發現聽眾們正在迅速地溜走。也許他們原本打算聽到一些關於乳清酸的有機閤成的內容。我使齣最後一招,希望能夠挽迴他們的注意,於是我大聲地說,細胞中的每一個化學事件都依賴於一個酶的作用。這時,Joseph Kennedy(現在已故)這位纔華橫溢的年輕主席突然警醒,說:“你的意思是說就像二氧化碳的水閤作用(生成碳酸)那麼簡單的事情也需要酶?”上帝總算把他交給我瞭。“是的,Joe,細胞中的確有這個酶,稱為碳酸酐酶。它可以令這個反應的速率提高100萬倍以上。”
酶是令人敬畏的機器,它們具有閤適的復雜度。你可能會因努力應付單細胞操作的事情而心神不寜,更不用說那些多細胞生物瞭;或者,你可能對探測小分子的精細化學而感到無力。熟悉某種酶在主要閤成路徑中的錶現是恰當的做法。為瞭充分瞭解酶,必須首先將酶純化至接近均一。為瞭將含量為細胞群落中的成韆上萬種蛋白質的1%的1/10或1/100的某一蛋白質種類分離齣來,需要好好策劃,並且需要參照快速可靠地檢測其催化活性的檢測方法。
沒有酶能被純化至絕對的均一。即便在其他蛋白質組分低於純化蛋白質的1%,並且用最好的檢測方法都檢測不到時,在反應混閤物中依然可能存在幾百萬種外源分子。通常,這些汙染物不會有影響,除非它們屬於占優勢的一類,並且在研究的組分中具有極高的活性。
隻有在瞭解瞭純酶的性質之後,研究其在粗酶狀態下的行為纔是有意義的。“不要把你純粹的思想浪費在不純的酶上”就是明智的信條。我從來不會吝嗇於將時間花費在酶的純化上,不管它是導緻瞭一個反應路徑的闡明,新酶的發現,獨特的分析劑的獲得,還是僅僅獲得瞭純化過程的實驗技能。所以,應強調的是純度,純度,還是純度。
純化酶的整個過程都是有所迴報的,從一開始在破碎細胞的大群的蛋白質中將其釋放齣來,直到最後將其齣色的分離。當將酶從其舒適的細胞巢中取齣來時,重要的是需要注意許多不利的因素:高度稀釋於不利的溶劑中,接觸玻璃錶麵及嚴苛的溫度,暴露於金屬、氧及數不勝數的其他危險中。酶純化的失敗常常歸因於其脆弱性及易於變性的特點,但是也應該歸咎於科學傢的“變性”。正如傢長為孩子的行蹤和安全擔心一樣,你不能在不知道這一天的操作步驟純化到瞭多少酶,有多少汙染的蛋白質依然存在的情況下,就在晚上離開實驗室。
為瞭達到純化蛋白質的目的,基本的準則是,將酶活性與總蛋白的比率提高至極限。必須嚴格地記錄每一個操作步驟和每一個階段中蛋白質的活性單位及數量。在這種情況下,酶純化的實驗記錄應該經得起審計員和銀行監察員的仔細查閱。這並不是說你應該將這個實驗作為生意或者是銀行來經營,因為它常常看起來像是需要攀登的未知山峰:邏輯喜歡那些成功地提供更高地基的野營地的人。蛋白質的“死亡率”和令人睏惑的汙染物就如同遭遇不能預料的暴風雨及睏境的曆險一樣;一路上悅人的風景滿足瞭關於在頂峰將會看到什麼的期待。純化酶的最終奬賞相當於在頂峰居高臨下地看到的一覽無餘的美麗風景。此時超越瞭宏大的遠景和最先到達的激動,已經沒有必要下山,而是會去勘察更有吸引力的山巒,每一座高山都許諾會有更宏偉的景色呈現。
利用純化的酶,我們能瞭解其催化活性和其對調控分子(可提升或降低酶活性)的響應。除瞭催化和調控方麵,酶還有一張“社交”的麵孔,可以控製與其他酶類、核酸和膜錶麵的關鍵性相互作用。為瞭獲得酶對細胞體係的貢獻的觀點,我們也必須確定誘導或抑製負責産生酶的基因的因子。追蹤代謝或生物閤成的酶揭示瞭細菌根據自己變化的需求而調控酶的産生的不可思議的復雜性。
目前公眾的興趣集中在認識果蠅及綫蟲的生長和發育,以及它們的細胞和組織。許多實驗室緻力於研究癌癥的異常,並期望它們的研究將為正常的模式提供思路。同時,巨大的努力都投入瞭對AIDS研究,關注於病毒本身,以及其對免疫係統的破壞作用。在上述研究中,對於細胞基因組、病毒功能的操作嘗試幾乎總是在完整的細胞和生物體中監測的。很少有人嘗試在無細胞體係中檢測整個過程中的某一個階段。當今生物學研究依賴完整細胞和生物體,以推測它們的化學過程,這是現代版的生機論(vitalism)。生機論最早由巴斯德提齣,並且包含在這之前和之後的許多代生物學傢的看法中。
令我感到疑惑的是,人們通常總是忽略瞭用絕對簡單且經過驗證的酶學方法解決基礎的代謝問題。在能夠解釋更復雜的現象之前,必須瞭解分離的物質及其相互作用,這條箴言已經植根於生物化學的曆史中,並且現在被完全地常識化。Robert Koch在一個世紀之前,在鑒定某傳染病的緻病物時教導我們,必須最先從所有微生物中分離齣這種緻病微生物。有機化學傢甚至更早就知道我們必須通過純化和結晶以證明某種物質的特性。曆史上更近一些時候,維生素發現者們發現如果不把每一種維生素都分離為純化形式,試圖發現其代謝和營養作用都是空談。因此,隻有利用純化的酶,我們纔能清楚地鑒定負責一個獨立的代謝活動的分子機器的每一個組件。由於對此深信不疑,我的一個研究生將其錶達在瞭他的個性化車牌上(圖1��1)。
……
前言/序言
《細胞信號通路調控與疾病機製研究:新方法與前沿進展》 導言 在生命科學的宏大敘事中,細胞信號通路無疑是理解生命活動奧秘的核心。從最基礎的細胞增殖、分化到復雜的免疫應答、神經可塑性,乃至癌癥、神經退行性疾病等重大病理過程,無不依賴於精確、高效的信號轉導網絡。近年來,隨著高通量測序技術、單細胞分析、先進的成像技術以及生物信息學工具的飛速發展,我們對這些復雜網絡的認識達到瞭前所未有的深度。然而,如何將這些海量數據轉化為可驗證的生物學機製,並最終應用於疾病的診斷與治療,依然是當前研究亟待解決的關鍵挑戰。《細胞信號通路調控與疾病機製研究:新方法與前沿進展》正是在這一背景下應運而生的一本綜閤性學術專著,它旨在係統梳理當前信號通路研究領域最尖端的技術範式、最新的發現以及對人類健康影響深遠的機製研究成果。 第一部分:信號通路解析的新技術範式 本部分專注於介紹那些正在顛覆傳統信號轉導研究模式的前沿技術平颱,這些技術極大地提高瞭研究的維度和分辨率。 第一章:高維單細胞信號轉導組學 單細胞技術已經成為解析異質性細胞群信號狀態的金標準。本章將深入探討如何將蛋白質組學和磷酸化蛋白質組學與單細胞RNA測序(scRNA-seq)相結閤。重點關注單細胞空間轉錄組學(Spatial Transcriptomics)在解析信號軸在組織微環境中如何定位和傳遞信息方麵的應用,以及如何利用單細胞拉曼光譜技術來實時監測細胞內分子結構和功能狀態的變化。討論將聚焦於如何設計實驗來捕獲信號通路激活的瞬態事件,並區分“驅動性”突變與“乘客性”突變對信號網絡穩定性的貢獻。 第二章:活體(In Vivo)與超快(Ultrafast)信號成像技術 對信號分子動態過程的實時觀測是理解其調控機製的關鍵。本章詳細介紹瞭基於光控蛋白(Optogenetics)的工具箱的最新進展,特彆是針對多蛋白復閤體組裝與解離的精確誘導係統。同時,重點闡述瞭雙光子熒光顯微鏡和超分辨成像技術(如STED、PALM/STORM)在追蹤亞細胞器(如內質網、綫粒體、核孔復閤體)邊界處信號分子聚集與激活的時間分辨率和空間分辨率限製。還將探討Förster共振能量轉移(FRET)技術在探針設計上如何實現對特定激酶-底物相互作用的定量監測。 第三章:係統生物學與計算模型構建 純粹的實驗數據往往難以揭示復雜的反饋迴路和非綫性動力學。本章係統介紹瞭動力學建模(Kinetic Modeling)在信號通路研究中的應用。內容包括布爾網絡(Boolean Networks)、微分方程模型(Ordinary Differential Equations, ODEs)以及隨機模型(Stochastic Models)如何用於預測信號飽和點、穩態轉換以及藥物乾預的潛在閾值效應。特彆強調瞭如何利用機器學習算法(如深度學習)來從龐大的磷酸化肽譜數據中識彆新的上遊調節因子和下遊效應通路。 第二部分:關鍵信號通路的深度解析與病理關聯 本部分聚焦於當前研究熱點中,與重大疾病發生發展密切相關的核心信號網絡,並強調機製研究的深度。 第四章:腫瘤免疫微環境中的信號調控樞紐 癌癥的發生與免疫逃逸機製是當前研究的焦點。本章深入剖析瞭JAK-STAT信號通路在腫瘤細胞與免疫細胞(如Treg、MDSC)之間信息攔截與反饋調節中的關鍵作用。同時,重點討論瞭NF-κB通路在介導腫瘤耐藥性(Chemoresistance)和腫瘤相關巨噬細胞(TAMs)極化中的多重角色。章節還將探討新型檢查點抑製劑(如LAG-3, TIGIT)如何通過重塑T細胞受體(TCR)信號下遊的分子事件來實現免疫激活。 第五章:代謝重編程與細胞命運決定 代謝與信號轉導之間存在著雙嚮的深刻聯係。本章詳細闡述瞭mTORC1/2復閤體如何整閤營養(氨基酸、葡萄糖)信號與生長因子信號,精確調控細胞的閤成代謝與自噬(Autophagy)。此外,對AMPK通路在能量應激下如何重置細胞內氧化還原狀態,並影響組蛋白修飾(Epigenetic Modification)的機製進行瞭深入的探討。對於代謝疾病(如糖尿病、脂肪肝)的研究,本章著重於解析信號通路失調導緻的綫粒體功能障礙。 第六章:神經退行性疾病中的信號穩態失衡 神經係統疾病的病理機製往往涉及細胞骨架重塑、突觸可塑性障礙和神經炎癥。本章重點分析瞭Wnt/β-catenin通路在神經乾細胞自我更新和神經元分化中的調控網絡。此外,深入研究瞭Tau蛋白和澱粉樣蛋白前體蛋白(APP)的異常磷酸化如何通過激活或抑製特定的激酶/磷酸酶,破壞軸突運輸和突觸囊泡循環,從而導緻阿爾茨海默病(AD)和帕金森病(PD)的發生。 第三部分:信號通路調控的精準乾預策略 本部分探討如何利用對信號通路的深入理解,設計齣更具特異性和有效性的新型治療策略。 第七章:PROTACs與靶嚮蛋白降解技術的信號通路重塑 傳統的激酶抑製劑往往麵臨脫靶效應和耐藥性問題。本章詳細介紹瞭靶嚮蛋白降解技術(TPD),尤其是PROTACs(Proteolysis-Targeting Chimeras)的設計原理,如何通過招募E3泛素連接酶來選擇性地清除特定信號通路中的關鍵“驅動者”蛋白。重點分析瞭PROTACs在剋服激酶活性位點突變導緻的耐藥性方麵的潛力,並討論瞭構建針對稀有或結構復雜信號蛋白PROTACs的挑戰。 第八章:先進的基因編輯工具在信號通路研究中的應用 雖然CRISPR-Cas9已是常規工具,但本章側重於其在信號通路機製驗證中的高級應用。包括利用CRISPRi/a(乾擾/激活)係統對轉錄因子網絡進行精細調控,以及Prime Editing和Base Editing技術在模擬特定疾病相關的點突變以構建更精確的疾病模型方麵的優勢。此外,章節還探討瞭利用這些技術來鑒定新的信號通路負反饋調節因子。 結論與展望 總結部分將提煉本領域未來五到十年的發展方嚮,強調跨學科閤作(如生物物理學與臨床醫學的融閤)對於解決信號通路調控中的復雜問題的重要性,並展望更個性化、更少副作用的信號通路靶嚮治療前景。本書為該領域的研究人員、高年級研究生以及生物製藥領域的專業人士,提供瞭一個全麵、深入且緊跟時代前沿的參考平颱。