分子系统发生学 pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

简体网页||繁体网页

☆☆☆☆☆

黄原 著

图书标签:

• 分子系统发生学
• 系统发育
• 分子生物学
• 进化生物学
• 基因组学
• 生物信息学
• phylogenomics
• 进化树
• 分子进化
• 生物多样性

出版社： 科学出版社

ISBN：9787030330260

版次：1

商品编码：11668432

包装：精装

开本：16开

出版时间：2015-03-01

用纸：胶版纸

页数：533

字数：790000

正文语种：中文

编辑推荐

适读人群 ：生物学科研究生、高年级本科生和相关领域的科研工作作者。
　　1.内容全面系统，包括分子系统发生学的基础、原理、方法、应用。2. 指导性强，可作为相关研究的工具书；3. 语言简洁、通俗易懂，可读性强。

内容简介

　　分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科。《分子系统发生学》全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用。《分子系统发生学》由18章组成，可以归纳为五大部分：第一部分包括第1～3章，分别介绍了系统发生和系统树的基本知识；第二部分包括第4～7章，是分子系统发生分析的基础，其中第4章和第5章是分子系统发生学的信息学基础，第6章是数据集系统发生信号评估，第7章讨论了分子进化模型及模型选择原理与方法；第三部分中的第8～12章是各种系统发生分析方法，分别就目前主要的系统发生分析方法（距离矩阵法、简约法、贝叶斯推论法和系统发生网络法等）从原理、软件操作、应用及局限性等方面进行了详细的介绍，第13章讨论了系统发生假设检验的原理和方法，第14章讨论了系统发生分析可靠性与影响因素；第四部分主要涉及各类数据集分析策略，其中第15章总结了不同类型数据的分析策略，第16章对复杂数据系统发生的分析策略与方法进行了详细地介绍，第17章是多基因数据分析策略和方法；最后一部分即第18章是系统树的可视化、注释与应用方面的内容。
　　《分子系统发生学》可作为生物学、生物技术、生态学和生物信息学专业的本科生、研究生及科研人员学习分子系统发生学的教材或参考资料。

作者简介

黄原：陕西师范大学教授，主要从事昆虫的分子进化和分子系统学、线粒体基因组学、比较及进化基因组学等方向的研究。陕西科技进步一等奖获得者。

目录

前言
第1章 系统发生学概论
1.1 系统发生与系统发生学
1.2 系统发生关系的含义
1.2.1 表征关系
1.2.2 分支关系
1.2.3 遗传关系
1.2.4 系统发生关系
1.2.5 年代关系
1.2.6 地理分布关系
1.3 分子系统发生分析的原理和假设
1.3.1 分子系统发生分析的原理
1.3.2 分子系统发生分析的假设
1.3.3 分子数据的优点
1.4 分子系统发生学的方法论
1.5 分子系统发生学的发展历史
1.6 系统发生分析的策略与步骤
1.7 分子系统发生学的文献资源
1.7.1 分子系统发生学期刊
1.7.2 分子系统发生学领域主要专著和教科书
1.8 分子系统发生学的成就和问题

第2章 系统发生分析基础
2.1 分子进化基础
2.1.1 分子进化的动力
2.1.2 分子进化的中性理论
2.1.3 溯祖理论
2.2 系统发生分析的分类学基础
2.2.1 系统发生与分类学的关系
2.2.2 分类阶元的系统发生意义
2.3 性状和性状分析方法
2.3.1 性状的分类
2.3.2 关于性状的基本假设
2.3.3 性状进化分析方法
2.3.4 性状的加权
2.3.5 性状的同源
2.3.6 性状的同型
2.4 系统发生分析的数学基础
2.5 系统发生分析的统计学基础
2.5.1 概率分布
2.5.2 系统发生的统计学检验
2.5.3 零假设与零模型
2.5.4 常用检验方法
2.5.5 随机数据及其在系统发生中的应用
2.6 理论系统发生学
2.7 模拟系统发生研究
2.7.1 系统树的模拟
2.7.2 序列的模拟
2.7.3 系统发生模拟研究的优势
2.8 系统发生分析的算法
2.8.1 精确算法
2.8.2 启发式算法

第3章 系统树
3.1 系统树的概念和含义
3.2 系统树的要素
3.2.1 系统树的拓扑结构
3.2.2 系统树的节点
3.2.3 系统树的分枝和分枝长度
3.3 演化历史与系统树的完整性
3.4 系统树表达的信息
3.5 系统树概念和表达形式的发展
3.6 系统树的类型
3.6.1 树状图与网状图
3.6.2 有根树和无根树
3.6.3 标度树与未标度树
3.6.4 基因树和物种树
3.6.5 基础树和合一树、源树和超树
3.6.6 期望树与实际树
3.6.7 普适生命树与完全树
3.6.8 二歧树和多歧树
3.6.9 系统树的表示形式
3.7 系统树的数学描述
3.7.1 系统树各部位的名称
3.7.2 二分树及其表示方式
3.7.3 二歧树的性质
……

第4章 系统发生信息学
第5章 数据集准备与序列比对
第6章 数据集系统发生信号评估
第7章 进化模型及其选择
第8章 距离矩阵方法
第9章 简约法
第10章 最大似然法
第11章 贝叶斯系统发生推论法
第12章 系统发生网络、超树和无比对方法
第13章 系统发生假设检验
第14章 系统发生分析的可靠性与影响因素
第15章 不同类型数据的分析策略
第16章 复杂数据和困难系统发生的分析策略与方法
第17章 多源数据集分析策略和方法
第18章 系统树的可视化、注释与应用
参考文献
彩图

前言/序言

《生命演化的复杂织锦：从宏观到微观的生命起源与多样性研究》 本书简介： 本书旨在全面而深入地探讨生命起源的深层机制、早期生命形态的演化轨迹，以及地球生命在漫长地质时间尺度上如何构建出今日之复杂多样的生态系统。我们超越了传统的学科壁垒，融合了古生物学、地球化学、分子生物学、生态学以及信息论的前沿发现，力求勾勒出一幅宏大且细节丰富的生命演化图景。 第一部分：生命起源的化学基石与环境背景 本部分聚焦于生命诞生前的地球环境，即“前生命时代”。我们将详细考察冥古宙和太古宙早期地球大气、海洋的组成及其能量来源。重点讨论了无机化学物质如何通过能量驱动，逐步转化为具有自催化和自我复制能力的有机分子。 深海热液喷口与陆源化学合成： 深入剖析了生命起源的两个主要假说场景——深海热液系统与火山活动附近陆源环境。对比了它们在提供梯度能量、催化表面以及必要化学元素（如硫、铁）方面的差异和优势。 从单体到聚合物的飞跃： 详细阐述了氨基酸、核苷酸等基本有机单体如何聚合成长链分子。讨论了磷酸盐活化机制、RNA世界假说中的自复制机制探索，以及早期膜结构（如脂质囊泡）的形成对原初细胞的构建意义。 手性的抉择： 生命体普遍采用单一手性（L型氨基酸和D型核糖），本书将探讨这种“手性纯化”过程是如何在原始汤或特定催化表面上实现的，以及它对后续生命信息传递和酶促反应的决定性影响。 第二部分：原核生物的统治与代谢的爆发 生命一旦出现，便立即进入了快速的演化期。本部分着重描述了早期生命形式——原核生物的结构、功能以及它们如何塑造了地球环境。 LUCA（Last Universal Common Ancestor）的重构： 基于现代生物的基因组比较分析，尝试推断出地球上所有现存生命的共同祖先可能具备的特征，包括其代谢途径、基因表达系统以及对极端环境的适应性。 光合作用的诞生与大氧化事件（GOE）： 详细描述了厌氧代谢到需要更高效能源获取方式的转变。重点分析了原初光合作用（如硫细菌的光合作用）如何演变为产氧光合作用。随后，本书将深度剖析蓝细菌对大气成分的颠覆性改造——大氧化事件，探讨这一事件对当时厌氧生态系统的毁灭性冲击，以及它如何为真核生物的演化铺平了道路。 固氮作用与营养循环的建立： 探讨了氮元素循环的早期发展，特别是固氮酶的起源和功能，解释了这一关键生物过程如何解决了早期生命对生物有效氮的持续需求，并促进了全球生物地球化学循环的初步建立。 第三部分：真核生物的复杂化与内共生理论的深化 真核生物的出现被认为是生命演化史上最重大的转折点之一。本部分致力于解析这一复杂细胞结构的起源和动态整合过程。 内共生的动力学： 详尽回顾了线粒体和叶绿体起源的证据链，从基因组的丢失与转移，到膜结构和复制机制的保留。本书特别关注驱动这一历史性“吞噬”事件的生态压力和分子机制。 细胞核的起源与基因组的重组： 探讨了细胞核作为信息储存和调控中心的形成过程，分析了核膜的起源，以及真核细胞特有的基因表达调控网络（如剪接体）的演化。 细胞骨架与运动能力的获得： 阐述了肌动蛋白和微管等复杂细胞骨架系统的出现，它们如何赋予细胞形态可塑性、更高效的物质运输能力，并最终促成了多细胞化和复杂运动模式的出现。 第四部分：多细胞性的兴起与寒武纪生命大爆发 从单细胞到多细胞生命的跨越，标志着生命演化进入了新的尺度。本部分探讨了多细胞性的多次独立起源及其生态后果。 群体行为的分子机制： 分析了细胞间粘附分子、细胞间信号传导通路（如Wnt、Notch通路）的演化，这些机制如何促使细胞间形成稳定的合作网络。 “雪球地球”的挑战与机遇： 考察了地球历史上多次大规模冰期（如“雪球地球”）对早期多细胞生物的筛选压力。探讨了生物如何在极端环境压力下，通过基因组创新和生态位适应，等待下一次升温期实现爆发式多样化。 寒武纪生命大爆发的生态学驱动力： 深入分析了埃迪卡拉纪末期到寒武纪早期，复杂动物门类集中出现的现象。讨论了氧气浓度的上升、捕食者与猎物之间的“军备竞赛”驱动力，以及 Hox 基因家族的复制和功能化在构建动物体基本形态蓝图中的核心作用。 第五部分：生命多样性的扩展与生物圈的重塑 本书的最后一部分将目光投向生命在各个栖息地（海洋、陆地、空中）的广泛定殖，以及随后的多次物种大灭绝事件对演化路径的重塑作用。 植物定殖陆地的生态革命： 描述了藻类如何克服干燥、紫外线辐射和重力挑战，演化出维管系统、角质层和种子结构，从而彻底改变了陆地景观，并为动物登陆奠定了基础。 脊椎动物的适应辐射： 重点分析了鱼类如何演化出四肢，并成功登陆。考察了从两栖动物到爬行动物、再到哺乳动物和鸟类的关键适应性创新（如羊膜卵的出现、恒温性的发展）。 灭绝与创新： 对五次主要生物大灭绝事件（如二叠纪-三叠纪事件、白垩纪-古近纪事件）的驱动因素和对幸存者群体的选择效应进行详细分析。强调了危机往往是新演化机会的催化剂，解释了幸存者如何利用释放出的生态位，驱动物种的快速辐射和复杂性的重建。 本书结构清晰，论证严谨，旨在为地质学、生物学以及生命科学交叉领域的研究者和学生，提供一个理解生命复杂历史的综合性参考框架。全书通过对关键分子证据、化石记录和地化指标的交叉验证，构建了一个连贯且具有前瞻性的生命演化叙事。

评分☆☆☆☆☆

我是一位退休多年的生物学爱好者，曾经在基础研究领域有过一些工作经验，虽然年代久远，但对科学的热情从未减退。这些年，我一直在关注生物学领域的新发展，尤其对那些能够深入解释生命奥秘的学科充满兴趣。分子系统发生学这个概念，我是在一些科普文章中偶然看到的，感觉它是一种非常强大的工具，能够以前所未有的方式来审视生命进化的历史。这本书的出现，让我有机会系统地了解这个领域。我希望书中能够涵盖一些历史的发展脉络，让读者了解这个学科是如何一步步发展到今天的。同时，我也希望它能介绍一些经典的分子系统发生学研究成果，比如揭示某些关键演化事件的分子证据，或者解决一些长期存在的生物学争论。我对于那些能够挑战传统观念、带来全新视角的研究尤为关注。当然，作为一个老读者，我也希望这本书的学术严谨性能够得到保证，引用的数据和结论都有可靠的依据。我不太喜欢过于煽情或主观的论述，而是更倾向于扎实、客观的科学解读。这本书能否帮助我更新我对生命演化的认知，让我看到一个更清晰、更精细的生命发展图景，是我最期待的。

评分☆☆☆☆☆

我是一名对自然界充满敬畏的环保主义者，我深信理解生物的演化历程是我们更好地保护地球生物多样性的关键。我选择这本书，是希望能够从更宏观、更深层的角度理解不同物种之间的联系，以及它们是如何在漫长的地质历史中形成今天的格局。我期待这本书能够用一种清晰、有条理的方式，展现生命演化的宏大叙事，让我明白每一个物种的存在，都承载着独特的演化故事，都与地球的生态系统紧密相连。我特别想了解，分子系统发生学如何帮助我们识别濒危物种的亲缘关系，从而为它们的保护提供更科学的依据。同时，我也关注它在追踪外来入侵物种起源、了解疾病传播机制以及评估生物资源价值等方面的应用。我希望这本书能够传达一种科学的保护理念，让我们认识到，保护每一个物种，实际上也是在保护整个生命共同体的健康和稳定。这本书的文字是否能够唤起我对生命的敬畏之心，让我更加深刻地理解“物竞天择，适者生存”的背后，是多么精妙而脆弱的演化平衡，是我最看重的。

评分☆☆☆☆☆

作为一个对计算机科学和生物信息学都颇有涉猎的读者，我选择这本书，是被其“分子系统发生学”这个名字所吸引，它暗示了算法、数据和生物学理论的深度融合。我一直认为，计算机科学的方法论在现代生物学研究中扮演着越来越重要的角色，尤其是处理海量生物数据，构建复杂模型等方面。我希望这本书能够详细介绍构建系统发生树的各种算法和模型，比如最大似然法、贝叶斯推理方法等，并解释它们背后的数学原理。同时，我也很想了解，在实际应用中，如何对这些算法进行优化，如何评估模型的准确性，以及如何处理数据中的噪声和不确定性。如果书中能涉及一些具体的软件工具和数据库的介绍，那将非常有价值，我可以尝试在自己的环境中复现一些分析。此外，我对于利用分子系统发生学来研究基因家族的演化、蛋白质的结构与功能关系，甚至病毒的演化和传播路径等方面的应用也充满了兴趣。我希望这本书能够提供一些前沿的研究案例，展现分子系统发生学在解决复杂生物学问题中的强大能力，并可能激发我进行相关的编程实践和理论探索。

评分☆☆☆☆☆

我是一名热爱阅读的大学在读学生，目前学习的专业与生物学有些交叉，但分子系统发生学对我来说仍是一个相对陌生的领域。我选择这本书，更多的是源于一种对未知领域的探索欲望，以及对科学前沿知识的渴望。我希望这本书能够提供一个相对容易入门的视角，让我能够初步了解这个学科的基本理论和研究方法。我尤其对书中所提及的“分子钟”概念感到好奇，想知道科学家们是如何利用分子数据来估算物种分化的时间的。同时，我也很想知道，在实际应用中，分子系统发生学是如何帮助我们解决诸如疾病溯源、生物多样性保护等实际问题的。我期待书中能有一些生动的案例分析，能够将抽象的理论与具体的应用场景结合起来，让我更好地理解其价值。此外，我比较看重书籍的可读性，希望作者能够用相对通俗易懂的语言来阐述复杂的概念，避免过多的专业术语堆砌，或者能够提供详细的解释。如果书中包含一些图示、表格或者流程图，那就更好了，这有助于我更直观地理解其中的内容。总而言之，我希望这本书能成为我认识分子系统发生学的一个良好开端，为我未来的学习和研究打下一定的基础。

评分☆☆☆☆☆

这本书的封面设计非常有吸引力，采用了一种抽象的分子结构图案，色彩搭配沉稳而又不失科技感，第一次看到就让我对它产生了浓厚的兴趣。我是一名对生命科学的起源和演化一直抱有好奇心的普通读者，虽然不是专业研究人员，但对生物学基本概念还是有所了解。我一直觉得，生命之所以如此多样和复杂，背后一定有着深刻的演化逻辑和系统性的解释。当我翻开这本书时，我首先被它清晰的目录结构所吸引，每一个章节的标题都预示着一段精彩的探索之旅。我特别期待能够理解那些看似微小的分子是如何承载着生命的历史信息，又是如何帮助我们揭示不同物种之间的亲缘关系。书中的引言部分，用一种非常引人入胜的方式，勾勒出了分子系统发生学在现代生物学研究中的重要地位，以及它如何以前所未有的精度帮助我们构建生命之树。我希望能在这本书中找到解答，理解那些隐藏在DNA、RNA和蛋白质序列背后的故事，感受科学的严谨和探索的魅力。这本书的装帧质量也相当不错，纸张的触感和印刷的清晰度都让人感到舒适，这对于长时间阅读来说至关重要。我相信，即使我不是领域的专家，也能从这本书中获得丰富的知识和深刻的启发。

评分☆☆☆☆☆

好可以

评分☆☆☆☆☆

老好了，看了才知道，自己学都白上了，当时在校有这书多好啊

评分☆☆☆☆☆

不过书很不错，国内这方面的书很欠缺，这么写的很全。

评分☆☆☆☆☆

很好很好！

评分☆☆☆☆☆

正版书，还可以，值得买。

评分☆☆☆☆☆

好可以

评分☆☆☆☆☆

物超所值，值得购买！

评分☆☆☆☆☆

外皮有点破损，不过无所谓啦

评分☆☆☆☆☆

老好了，看了才知道，自己学都白上了，当时在校有这书多好啊