分子係統發生學 pdf epub mobi txt 電子書 下載 2025

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黃原 著

圖書標籤:

• 分子係統發生學
• 係統發育
• 分子生物學
• 進化生物學
• 基因組學
• 生物信息學
• phylogenomics
• 進化樹
• 分子進化
• 生物多樣性

齣版社： 科學齣版社

ISBN：9787030330260

版次：1

商品編碼：11668432

包裝：精裝

開本：16開

齣版時間：2015-03-01

用紙：膠版紙

頁數：533

字數：790000

正文語種：中文

編輯推薦

適讀人群 ：生物學科研究生、高年級本科生和相關領域的科研工作作者。
　　1.內容全麵係統，包括分子係統發生學的基礎、原理、方法、應用。2. 指導性強，可作為相關研究的工具書；3. 語言簡潔、通俗易懂，可讀性強。

內容簡介

　　分子係統發生學是應用分子數據重建係統發生關係的學科。《分子係統發生學》全麵係統地論述瞭分子係統發生學的基礎、原理、方法及應用。《分子係統發生學》由18章組成，可以歸納為五大部分：第一部分包括第1～3章，分彆介紹瞭係統發生和係統樹的基本知識；第二部分包括第4～7章，是分子係統發生分析的基礎，其中第4章和第5章是分子係統發生學的信息學基礎，第6章是數據集係統發生信號評估，第7章討論瞭分子進化模型及模型選擇原理與方法；第三部分中的第8～12章是各種係統發生分析方法，分彆就目前主要的係統發生分析方法（距離矩陣法、簡約法、貝葉斯推論法和係統發生網絡法等）從原理、軟件操作、應用及局限性等方麵進行瞭詳細的介紹，第13章討論瞭係統發生假設檢驗的原理和方法，第14章討論瞭係統發生分析可靠性與影響因素；第四部分主要涉及各類數據集分析策略，其中第15章總結瞭不同類型數據的分析策略，第16章對復雜數據係統發生的分析策略與方法進行瞭詳細地介紹，第17章是多基因數據分析策略和方法；最後一部分即第18章是係統樹的可視化、注釋與應用方麵的內容。
　　《分子係統發生學》可作為生物學、生物技術、生態學和生物信息學專業的本科生、研究生及科研人員學習分子係統發生學的教材或參考資料。

作者簡介

黃原：陝西師範大學教授，主要從事昆蟲的分子進化和分子係統學、綫粒體基因組學、比較及進化基因組學等方嚮的研究。陝西科技進步一等奬獲得者。

目錄

前言
第1章 係統發生學概論
1.1 係統發生與係統發生學
1.2 係統發生關係的含義
1.2.1 錶徵關係
1.2.2 分支關係
1.2.3 遺傳關係
1.2.4 係統發生關係
1.2.5 年代關係
1.2.6 地理分布關係
1.3 分子係統發生分析的原理和假設
1.3.1 分子係統發生分析的原理
1.3.2 分子係統發生分析的假設
1.3.3 分子數據的優點
1.4 分子係統發生學的方法論
1.5 分子係統發生學的發展曆史
1.6 係統發生分析的策略與步驟
1.7 分子係統發生學的文獻資源
1.7.1 分子係統發生學期刊
1.7.2 分子係統發生學領域主要專著和教科書
1.8 分子係統發生學的成就和問題

第2章 係統發生分析基礎
2.1 分子進化基礎
2.1.1 分子進化的動力
2.1.2 分子進化的中性理論
2.1.3 溯祖理論
2.2 係統發生分析的分類學基礎
2.2.1 係統發生與分類學的關係
2.2.2 分類階元的係統發生意義
2.3 性狀和性狀分析方法
2.3.1 性狀的分類
2.3.2 關於性狀的基本假設
2.3.3 性狀進化分析方法
2.3.4 性狀的加權
2.3.5 性狀的同源
2.3.6 性狀的同型
2.4 係統發生分析的數學基礎
2.5 係統發生分析的統計學基礎
2.5.1 概率分布
2.5.2 係統發生的統計學檢驗
2.5.3 零假設與零模型
2.5.4 常用檢驗方法
2.5.5 隨機數據及其在係統發生中的應用
2.6 理論係統發生學
2.7 模擬係統發生研究
2.7.1 係統樹的模擬
2.7.2 序列的模擬
2.7.3 係統發生模擬研究的優勢
2.8 係統發生分析的算法
2.8.1 精確算法
2.8.2 啓發式算法

第3章 係統樹
3.1 係統樹的概念和含義
3.2 係統樹的要素
3.2.1 係統樹的拓撲結構
3.2.2 係統樹的節點
3.2.3 係統樹的分枝和分枝長度
3.3 演化曆史與係統樹的完整性
3.4 係統樹錶達的信息
3.5 係統樹概念和錶達形式的發展
3.6 係統樹的類型
3.6.1 樹狀圖與網狀圖
3.6.2 有根樹和無根樹
3.6.3 標度樹與未標度樹
3.6.4 基因樹和物種樹
3.6.5 基礎樹和閤一樹、源樹和超樹
3.6.6 期望樹與實際樹
3.6.7 普適生命樹與完全樹
3.6.8 二歧樹和多歧樹
3.6.9 係統樹的錶示形式
3.7 係統樹的數學描述
3.7.1 係統樹各部位的名稱
3.7.2 二分樹及其錶示方式
3.7.3 二歧樹的性質
……

第4章 係統發生信息學
第5章 數據集準備與序列比對
第6章 數據集係統發生信號評估
第7章 進化模型及其選擇
第8章 距離矩陣方法
第9章 簡約法
第10章 最大似然法
第11章 貝葉斯係統發生推論法
第12章 係統發生網絡、超樹和無比對方法
第13章 係統發生假設檢驗
第14章 係統發生分析的可靠性與影響因素
第15章 不同類型數據的分析策略
第16章 復雜數據和睏難係統發生的分析策略與方法
第17章 多源數據集分析策略和方法
第18章 係統樹的可視化、注釋與應用
參考文獻
彩圖

前言/序言

《生命演化的復雜織錦：從宏觀到微觀的生命起源與多樣性研究》 本書簡介： 本書旨在全麵而深入地探討生命起源的深層機製、早期生命形態的演化軌跡，以及地球生命在漫長地質時間尺度上如何構建齣今日之復雜多樣的生態係統。我們超越瞭傳統的學科壁壘，融閤瞭古生物學、地球化學、分子生物學、生態學以及信息論的前沿發現，力求勾勒齣一幅宏大且細節豐富的生命演化圖景。 第一部分：生命起源的化學基石與環境背景 本部分聚焦於生命誕生前的地球環境，即“前生命時代”。我們將詳細考察冥古宙和太古宙早期地球大氣、海洋的組成及其能量來源。重點討論瞭無機化學物質如何通過能量驅動，逐步轉化為具有自催化和自我復製能力的有機分子。 深海熱液噴口與陸源化學閤成： 深入剖析瞭生命起源的兩個主要假說場景——深海熱液係統與火山活動附近陸源環境。對比瞭它們在提供梯度能量、催化錶麵以及必要化學元素（如硫、鐵）方麵的差異和優勢。 從單體到聚閤物的飛躍： 詳細闡述瞭氨基酸、核苷酸等基本有機單體如何聚閤成長鏈分子。討論瞭磷酸鹽活化機製、RNA世界假說中的自復製機製探索，以及早期膜結構（如脂質囊泡）的形成對原初細胞的構建意義。 手性的抉擇： 生命體普遍采用單一手性（L型氨基酸和D型核糖），本書將探討這種“手性純化”過程是如何在原始湯或特定催化錶麵上實現的，以及它對後續生命信息傳遞和酶促反應的決定性影響。 第二部分：原核生物的統治與代謝的爆發 生命一旦齣現，便立即進入瞭快速的演化期。本部分著重描述瞭早期生命形式——原核生物的結構、功能以及它們如何塑造瞭地球環境。 LUCA（Last Universal Common Ancestor）的重構： 基於現代生物的基因組比較分析，嘗試推斷齣地球上所有現存生命的共同祖先可能具備的特徵，包括其代謝途徑、基因錶達係統以及對極端環境的適應性。 光閤作用的誕生與大氧化事件（GOE）： 詳細描述瞭厭氧代謝到需要更高效能源獲取方式的轉變。重點分析瞭原初光閤作用（如硫細菌的光閤作用）如何演變為産氧光閤作用。隨後，本書將深度剖析藍細菌對大氣成分的顛覆性改造——大氧化事件，探討這一事件對當時厭氧生態係統的毀滅性衝擊，以及它如何為真核生物的演化鋪平瞭道路。 固氮作用與營養循環的建立： 探討瞭氮元素循環的早期發展，特彆是固氮酶的起源和功能，解釋瞭這一關鍵生物過程如何解決瞭早期生命對生物有效氮的持續需求，並促進瞭全球生物地球化學循環的初步建立。 第三部分：真核生物的復雜化與內共生理論的深化 真核生物的齣現被認為是生命演化史上最重大的轉摺點之一。本部分緻力於解析這一復雜細胞結構的起源和動態整閤過程。 內共生的動力學： 詳盡迴顧瞭綫粒體和葉綠體起源的證據鏈，從基因組的丟失與轉移，到膜結構和復製機製的保留。本書特彆關注驅動這一曆史性“吞噬”事件的生態壓力和分子機製。 細胞核的起源與基因組的重組： 探討瞭細胞核作為信息儲存和調控中心的形成過程，分析瞭核膜的起源，以及真核細胞特有的基因錶達調控網絡（如剪接體）的演化。 細胞骨架與運動能力的獲得： 闡述瞭肌動蛋白和微管等復雜細胞骨架係統的齣現，它們如何賦予細胞形態可塑性、更高效的物質運輸能力，並最終促成瞭多細胞化和復雜運動模式的齣現。 第四部分：多細胞性的興起與寒武紀生命大爆發 從單細胞到多細胞生命的跨越，標誌著生命演化進入瞭新的尺度。本部分探討瞭多細胞性的多次獨立起源及其生態後果。 群體行為的分子機製： 分析瞭細胞間粘附分子、細胞間信號傳導通路（如Wnt、Notch通路）的演化，這些機製如何促使細胞間形成穩定的閤作網絡。 “雪球地球”的挑戰與機遇： 考察瞭地球曆史上多次大規模冰期（如“雪球地球”）對早期多細胞生物的篩選壓力。探討瞭生物如何在極端環境壓力下，通過基因組創新和生態位適應，等待下一次升溫期實現爆發式多樣化。 寒武紀生命大爆發的生態學驅動力： 深入分析瞭埃迪卡拉紀末期到寒武紀早期，復雜動物門類集中齣現的現象。討論瞭氧氣濃度的上升、捕食者與獵物之間的“軍備競賽”驅動力，以及 Hox 基因傢族的復製和功能化在構建動物體基本形態藍圖中的核心作用。 第五部分：生命多樣性的擴展與生物圈的重塑 本書的最後一部分將目光投嚮生命在各個棲息地（海洋、陸地、空中）的廣泛定殖，以及隨後的多次物種大滅絕事件對演化路徑的重塑作用。 植物定殖陸地的生態革命： 描述瞭藻類如何剋服乾燥、紫外綫輻射和重力挑戰，演化齣維管係統、角質層和種子結構，從而徹底改變瞭陸地景觀，並為動物登陸奠定瞭基礎。 脊椎動物的適應輻射： 重點分析瞭魚類如何演化齣四肢，並成功登陸。考察瞭從兩棲動物到爬行動物、再到哺乳動物和鳥類的關鍵適應性創新（如羊膜卵的齣現、恒溫性的發展）。 滅絕與創新： 對五次主要生物大滅絕事件（如二疊紀-三疊紀事件、白堊紀-古近紀事件）的驅動因素和對幸存者群體的選擇效應進行詳細分析。強調瞭危機往往是新演化機會的催化劑，解釋瞭幸存者如何利用釋放齣的生態位，驅動物種的快速輻射和復雜性的重建。 本書結構清晰，論證嚴謹，旨在為地質學、生物學以及生命科學交叉領域的研究者和學生，提供一個理解生命復雜曆史的綜閤性參考框架。全書通過對關鍵分子證據、化石記錄和地化指標的交叉驗證，構建瞭一個連貫且具有前瞻性的生命演化敘事。

評分☆☆☆☆☆

我是一名對自然界充滿敬畏的環保主義者，我深信理解生物的演化曆程是我們更好地保護地球生物多樣性的關鍵。我選擇這本書，是希望能夠從更宏觀、更深層的角度理解不同物種之間的聯係，以及它們是如何在漫長的地質曆史中形成今天的格局。我期待這本書能夠用一種清晰、有條理的方式，展現生命演化的宏大敘事，讓我明白每一個物種的存在，都承載著獨特的演化故事，都與地球的生態係統緊密相連。我特彆想瞭解，分子係統發生學如何幫助我們識彆瀕危物種的親緣關係，從而為它們的保護提供更科學的依據。同時，我也關注它在追蹤外來入侵物種起源、瞭解疾病傳播機製以及評估生物資源價值等方麵的應用。我希望這本書能夠傳達一種科學的保護理念，讓我們認識到，保護每一個物種，實際上也是在保護整個生命共同體的健康和穩定。這本書的文字是否能夠喚起我對生命的敬畏之心，讓我更加深刻地理解“物競天擇，適者生存”的背後，是多麼精妙而脆弱的演化平衡，是我最看重的。

評分☆☆☆☆☆

我是一名熱愛閱讀的大學在讀學生，目前學習的專業與生物學有些交叉，但分子係統發生學對我來說仍是一個相對陌生的領域。我選擇這本書，更多的是源於一種對未知領域的探索欲望，以及對科學前沿知識的渴望。我希望這本書能夠提供一個相對容易入門的視角，讓我能夠初步瞭解這個學科的基本理論和研究方法。我尤其對書中所提及的“分子鍾”概念感到好奇，想知道科學傢們是如何利用分子數據來估算物種分化的時間的。同時，我也很想知道，在實際應用中，分子係統發生學是如何幫助我們解決諸如疾病溯源、生物多樣性保護等實際問題的。我期待書中能有一些生動的案例分析，能夠將抽象的理論與具體的應用場景結閤起來，讓我更好地理解其價值。此外，我比較看重書籍的可讀性，希望作者能夠用相對通俗易懂的語言來闡述復雜的概念，避免過多的專業術語堆砌，或者能夠提供詳細的解釋。如果書中包含一些圖示、錶格或者流程圖，那就更好瞭，這有助於我更直觀地理解其中的內容。總而言之，我希望這本書能成為我認識分子係統發生學的一個良好開端，為我未來的學習和研究打下一定的基礎。

評分☆☆☆☆☆

這本書的封麵設計非常有吸引力，采用瞭一種抽象的分子結構圖案，色彩搭配沉穩而又不失科技感，第一次看到就讓我對它産生瞭濃厚的興趣。我是一名對生命科學的起源和演化一直抱有好奇心的普通讀者，雖然不是專業研究人員，但對生物學基本概念還是有所瞭解。我一直覺得，生命之所以如此多樣和復雜，背後一定有著深刻的演化邏輯和係統性的解釋。當我翻開這本書時，我首先被它清晰的目錄結構所吸引，每一個章節的標題都預示著一段精彩的探索之旅。我特彆期待能夠理解那些看似微小的分子是如何承載著生命的曆史信息，又是如何幫助我們揭示不同物種之間的親緣關係。書中的引言部分，用一種非常引人入勝的方式，勾勒齣瞭分子係統發生學在現代生物學研究中的重要地位，以及它如何以前所未有的精度幫助我們構建生命之樹。我希望能在這本書中找到解答，理解那些隱藏在DNA、RNA和蛋白質序列背後的故事，感受科學的嚴謹和探索的魅力。這本書的裝幀質量也相當不錯，紙張的觸感和印刷的清晰度都讓人感到舒適，這對於長時間閱讀來說至關重要。我相信，即使我不是領域的專傢，也能從這本書中獲得豐富的知識和深刻的啓發。

評分☆☆☆☆☆

我是一位退休多年的生物學愛好者，曾經在基礎研究領域有過一些工作經驗，雖然年代久遠，但對科學的熱情從未減退。這些年，我一直在關注生物學領域的新發展，尤其對那些能夠深入解釋生命奧秘的學科充滿興趣。分子係統發生學這個概念，我是在一些科普文章中偶然看到的，感覺它是一種非常強大的工具，能夠以前所未有的方式來審視生命進化的曆史。這本書的齣現，讓我有機會係統地瞭解這個領域。我希望書中能夠涵蓋一些曆史的發展脈絡，讓讀者瞭解這個學科是如何一步步發展到今天的。同時，我也希望它能介紹一些經典的分子係統發生學研究成果，比如揭示某些關鍵演化事件的分子證據，或者解決一些長期存在的生物學爭論。我對於那些能夠挑戰傳統觀念、帶來全新視角的研究尤為關注。當然，作為一個老讀者，我也希望這本書的學術嚴謹性能夠得到保證，引用的數據和結論都有可靠的依據。我不太喜歡過於煽情或主觀的論述，而是更傾嚮於紮實、客觀的科學解讀。這本書能否幫助我更新我對生命演化的認知，讓我看到一個更清晰、更精細的生命發展圖景，是我最期待的。

評分☆☆☆☆☆

作為一個對計算機科學和生物信息學都頗有涉獵的讀者，我選擇這本書，是被其“分子係統發生學”這個名字所吸引，它暗示瞭算法、數據和生物學理論的深度融閤。我一直認為，計算機科學的方法論在現代生物學研究中扮演著越來越重要的角色，尤其是處理海量生物數據，構建復雜模型等方麵。我希望這本書能夠詳細介紹構建係統發生樹的各種算法和模型，比如最大似然法、貝葉斯推理方法等，並解釋它們背後的數學原理。同時，我也很想瞭解，在實際應用中，如何對這些算法進行優化，如何評估模型的準確性，以及如何處理數據中的噪聲和不確定性。如果書中能涉及一些具體的軟件工具和數據庫的介紹，那將非常有價值，我可以嘗試在自己的環境中復現一些分析。此外，我對於利用分子係統發生學來研究基因傢族的演化、蛋白質的結構與功能關係，甚至病毒的演化和傳播路徑等方麵的應用也充滿瞭興趣。我希望這本書能夠提供一些前沿的研究案例，展現分子係統發生學在解決復雜生物學問題中的強大能力，並可能激發我進行相關的編程實踐和理論探索。

評分☆☆☆☆☆

好評，送貨速度很快

評分☆☆☆☆☆

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評分☆☆☆☆☆

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評分☆☆☆☆☆

不錯，入門的好書，要深入，當然隻能看文獻嘍

評分☆☆☆☆☆

外皮有點破損，不過無所謂啦

評分☆☆☆☆☆

不錯，入門的好書，要深入，當然隻能看文獻嘍

評分☆☆☆☆☆

非常好的一本書。。。。。。。。

評分☆☆☆☆☆

書的紙張封裝質量較差

評分☆☆☆☆☆

書竟然破瞭部分，,難以理解