內容簡介
《精編蛋白質科學實驗指南》內容全部取材於該書和每季度更新的服務手冊,其詳細提供瞭多種實驗方案,並包含實驗材料、步驟和每種技術的參考文獻等信息,可使有經驗的研究人員將其作為獨立的實驗室指南來使用。
由於蛋白質具有多樣性,其分析也必須包括很廣範的結構和理化方法,因此每個研究人員都必須盡可能多地掌握新方法和傳統方法。本指南中既包括特定的詳細方案,也包括使方法適應手頭特定項目的策略,相信能夠有助於讀者進一步深入進行蛋白質科學和相關領域的研究。
內頁插圖
目錄
譯者的話
前言
參編者
推薦的背景讀物
第1章 蛋白質純化和定性的策略
1.1 單元 蛋白質純化和定性概述
目標和研究對象
蛋白質純化的原料
蛋白質的檢測和分析
蛋白質分離和純化方法
蛋白質産物的定性
蛋白質純化實驗室
1.2 單元 蛋白質純化流程圖
可溶性重組蛋白
不可溶性重組蛋白
可溶性非重組蛋白
膜相關的和不可溶性重組蛋白
第2章 計算分析
2.1 單元 用於蛋白質序列分析的疏水分布圖
方法學
應用
結論
2.2 單元 蛋白質二級結構預測
二級結構預測的方法
二級結構預測方法的應用
2.3 單元 使用BLAST程序傢族進行序列相似性搜索
進入BLAST程序和文檔
BLAST介紹
BLAST程序
2.4 單元 因特網上的蛋白質數據庫
蛋白質結構數據庫
蛋白質傢族數據庫
2.5 單元 蛋白質三級結構預測
同源性建模
序列分布圖法
綫程法
從頭結構預測
2.6 單元 蛋白質三級結構建模
詞匯
進入SwissModel程序和文檔
ExPDB數據庫
創建首次法建模查詢的格式
觀看SwissModel結果
2.7 單元 比較蛋白質結構預測
比較建模的步驟
第3章 檢測和分析方法
3.1 單元 分光光度法確定蛋白質濃度
基本方案1 計算一個蛋白質的摩爾吸收係數
基本方案2 摺疊蛋白質摩爾吸收係數的測定
基本方案3 使用摩爾吸收係數通過吸收光譜測定蛋白質的濃度
基本方案4 通過205nm處的吸收光譜測定蛋白質的濃度
基本方案5 粗蛋白質提取液總蛋白質濃度的測定
3.2 單元 定量氨基酸分析
樣品製備
平均組成的計算
3.3 單元 肽和蛋白質的體外放射標記
基本方案1 使用碘珠對酪氨酸或組氨酸殘基進行碘化
備擇方案1 用氯胺T或Iodogen在酪氨酸或組氨酸殘基碘化
備擇方案2 使用乳酸過氧化物酶在酪氨酸或組氨酸殘基碘化
輔助方案1 等摩爾碘化以獲得産物的高收率
輔助方案2 用HPLC從碘化産物中分離未標記的肽
基本方案2 用Bolton-Hunter試劑在賴氨酸殘基或N端碘化
基本方案3 通過酸酐乙酰化在賴氨酸殘基或N端進行14C或3H標記
備擇方案3 通過還原性烷基化在賴氨酸殘基或N端進行14C或3H標記
備擇方案4 用碘乙酸或碘乙酰胺在賴氨酸殘基進行14C或3H標記
基本方案4 在肽閤成過程中引入標記的氨基酸殘基
備擇方案5 在肽閤成過程中在N端進行選擇性標記
3.4 單元 總蛋白質的分析
基本方案1 總蛋白質定量的雙縮脲分析
基本方案2 總蛋白質定量的Hartree-Lowry分析
基本方案3 總蛋白質定量的二喹啉甲酸(BCA)分析
基本方案4 總蛋白質定量的酸消化——茚三酮法
輔助方案1 熱封玻璃管
基本方案5 測量總蛋白質的考馬斯染料結閤分析(Bradford分析)
輔助方案2 蛋白質樣品的凝膠透析
……
第4章 提取、穩定和濃縮
第5章 重組蛋白的生産
第6章 重組蛋白的純化
第7章 重組蛋白的定性
第8章 常規層析分離
第9章 親和層析
第10章 電泳
第11章 化學分析
第12章 翻譯後修飾:糖基化
第13章 翻譯後修飾:磷酸化和磷酸酶
第14章 翻譯後修飾:特定的應用
第15章 蛋白質的化學修飾
第16章 質譜
第17章 肽的製備和處理
第18章 蛋白質互相作用的鑒定
第19章 蛋白質相互作用的定量
第20章 肽酶
第21章 基於凝膠的蛋白質組分析
附錄1 試劑和溶液
附錄2 常用的度量製和數據
附錄3 常用技術
附錄4 試劑和設備供貨商
參考文獻
索引
前言/序言
蛋白質像人一樣,很有個性,但又有很多共同點。結構特點很相似的蛋白質,其物理特性會截然不同,這種異質性會給有誌於研究蛋白質結構和功能的科學傢提齣很大挑戰,因為我們不能夠根據蛋白質的序列和結構來預測其生物學和物理功能,例如,已知一種蛋白質的三級結構,我們不能夠準確地預測如何對其進行結晶和純化。因此,盡管隨著生物信息學能力的日益增強,我們能夠使這一過程更加閤理,但蛋白質化學的許多方麵還要靠經驗的方法。隨著分子生物學、遺傳學、結構生物學和相關學科的發展,蛋白質科學也正在不斷地復興,對有關蛋白質方法的參考資料的需求也不斷增長。使用重組的方法,現在能夠過量錶達正常形式和重新設計形式的蛋白質,並能夠創造具有獨特新特性的嵌閤蛋白質。錶達有親和標簽的蛋白質特彆有助於蛋白質的純化。高水平地錶達那些在通常情況下低豐度的蛋白質以及對其氨基酸序列進行操作,這種能力為研究蛋白質的排列和其相關的生物學過程(體外和體內兩種情況下)提供瞭空前的機會。蛋白質的生物化學、生物物理和高分辨率結構分析與相關基因的操作(在培養的細胞或整個哺乳動物中)組閤在一起已在生物技術和分子醫學的許多領域取得瞭驚人的進展。
由於蛋白質具有這樣的多樣性,其分析也必須包括很廣範的結構和理化方法,每個研究人員的方法庫中必須都包括新方法和老方法(傳統方法),而且,適閤於純化和初步定性與目的生物學活性有關的蛋白質的方法,通常並不適閤於分析相應的過量錶達的重組蛋白。本指南中既包括特定的詳細方案,也包括使方法適應手頭特定項目的策略,是為那些幾乎沒有蛋白質分離和定性經驗的科學工作者而設計的,可能是研究生和在其他生物學科受過訓練的科學工作者。同時,本書中介紹的大量技術可以保證即使是經驗豐富的專傢也會找到新的有用的方法,而且會受益於本書中便捷的標準信息和方法的編排方式,通常情況下,這些標準信息和方法必須要從許多資料中精選。
盡管掌握瞭本書介紹的技術能夠使讀者進行蛋白質科學和相關領域的研究,但是,無論是本書還是CPPS都不適於替代研究生的蛋白質科學課程,也不適於作為本領域的綜閤教材。此外,我們強烈建議讀者與更有經驗的研究人員一起在實驗室中得到第一手的經驗。
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