内容简介
《生物数学(第2卷·第3版)》近代生物数学方面的名著。第三版,在原来版本的基础上做了全面修订。近年来这个科目的茁壮成长和新知识点的不断涌现,新的版本将原来的一卷集分成上下两卷,扩大了知识容量,第二卷绝大多数是新增知识点。书中对生物学中的反应扩散方程和形态发生学的数学理论及最新研究成果作了全面介绍,是学习与研究生物数学的一部不可多得的参考书。
内页插图
目录
CONTENTS,VOLUME Ⅱ
Preface to the Third Edition
Preface to the First Edition
1.Multi-Species Waves and Practical Applications
1.1 Intuitive Expectations
1.2 Waves of Pursuit and Evasion in Predator-Prey Systems
1.3 Competition Model for the Spatial Spread of the Grey Squirrel in Britain
1.4 Spread of Genetically Engineered Organisms
1.5 Travelling Fronts in the Belousov-Zhabotinskii Reaction
1.6 Waves in Excitable Media
1.7 Travelling Wave Trains in Reaction Diffusion Systems with Oscillatory Kinetics
1.8 Spiral Waves
1.9 Spiral Wave Solutions of Reaction Diffusion Systems
Exercises
2.Spatial Pattern Formation with Reaction Diffusion Systems
2.1 Role of Pattern in Biology
2.2 Reaction Diffusion (Taring) Mechanisms
2.3 General Conditions for Diffusion-Driven Instability: Linear Stability Analysis and Evolution of Spatial Pattern
2.4 Detailed Analysis of Pattern Initiation in a Reaction Diffusion Mechanism
2.5 Dispersion Relation luring Space,Scale and Geometry Effects in Pattern Formation Models
2.6 Mode Selection and the Dispersion Relation
2.7 Pattern Generation with Single-Species Models: Spatial Heterogeneity with the Spruce Budworm Model
2.8 Spatial Patterns in Scalar Population Interaction Diffusion
Equations with Convection: Ecological Control Strategies
2.9 Nonexistence of Spatial Patterns in Reaction Diffusion Systems: General and Particular Results
Exercises
3.Animal Coat Patterns and Other Practical Applications of Reaction Diffusion Mechanisms
3.1 Mammalian Coat Patterns——How the Leopard Got Its Spots
3.2 Teratologies: Examples of Animal Coat Pattern Abnormalities
3.3 A Pattern Formation Mechanism for Butterfly Wing Patterns
3.4 Modelling Hair Patterns in a Whorl in Acetabularia
4.Pattern Formation on Growing Domains: Alligators and Snakes
4.1 Stripe Pattern Formation in the Alligator: Experiments
4.2 Modelling Concepts: Determining the Time of Stripe Formation
4.3 Stripes and Shadow Stripes on the Alligator
4.4 Spatial Patterning of Teeth Primordia in the Alligator: Background and Relevance
4.5 Biology of Tooth Initiation
4.6 Modelling Tooth Primordium Initiation: Background
4.7 Model Mechanism for Alligator Teeth Patterning
4.8 Results and Comparison with Experimental Data
4.9 Prediction Experiments
4.10 Concluding Remarks on Alligator Tooth Spatial Patterning
4.11 Pigmentation Pattern Formation on Snakes
4.12 Cell-Chemotaxis Model Mechanism
4.13 Simple and Complex Snake Pattern Elements
4.14 Propagating Pattern Generation with the Cell-Chemotaxis System
5.Bacterial Patterns and Chemotaxis
5.1 Background and Experimental Results
5.2 Model Mechanism for E coil in the Semi-Solid Experiments
5.3 Liquid Phase Model: Intuitive Analysis of Pattern Formation
5.4 Interpretation of the Analytical Results and Numerical Solutions
5.5 Semi-Solid Phase Model Mechanism for S typhimurium
5.6 Linear Analysis of the Basic Semi-Solid Model
5.7 Brief Outline and Results of the Nonlinear Analysis
5.8 Simulation Results,Parameter Spaces and Basic Patterns
5.9 Numerical Results with Initial Conditions from the~Experiments
5.10 Swarm Ring Patterns with the Semi-Solid Phase Model Mechanism
5.11 Branching Patterns in Bacillus subtilis
6.Mechanical Theory for Generating Pattern and Form in Development
6.1 Introduction,Motivation and Background Biology
6.2 Mechanical Model for Mesenchymal Morphogenesis
6.3 Linear Analysis,Dispersion Relation and Pattern Formation Potential
6.4 Simple Mechanical Models Which Generate Spatial Patterns with Complex Dispersion Relations
6.5 Periodic Patterns of Feather Germs
6.6 Cartilage Condensations in Limb Morphogenesis and Morphogenetic Rules
6.7 Embryonic Fingerprint Formation
6.8 Mechanochemical Model for the Epidermis
6.9 Formation of Microvilli
6.10 Complex Pattern Formation and Tissue Interaction Models
Exercises
7.Evolution,Morphogenetic Laws,Developmental Constraints and Teratologies
8.A Mechanical Theory of Vascular Network Formation
9.Epidermal Wound Healing
10.Dermal Wound Healing
11.Growth and Control of Brain Tumours
12.Neural Models of Pattern Formation
13.Geographic Spread and Control of Epidemics
14.Wolf Territoriality,Wolf-Deer Interaction and Survival
Appendix
A General Results for the Laplacian Operator in Bounded Domains
Bibliography
Index
前言/序言
生物数学(第2卷·第3版)[Mathematical Biology] 内容简介 《生物数学(第2卷·第3版)》是一部深入探讨利用数学工具和理论解决复杂生物学问题的权威著作。本书聚焦于现代生物学领域中新兴且关键的数学建模方法,旨在为读者提供一个全面、严谨且富有洞察力的知识框架。本卷作为该系列的重要组成部分,尤其侧重于将抽象的数学概念与具体的生物学现象紧密结合,涵盖了从细胞动力学到种群生态学,再到分子水平相互作用等多个尺度和层面。 本书的结构经过精心设计,力求在广度和深度上达到平衡。它不仅回顾了生物数学领域中一些经典模型的理论基础,更重要的是,它着重介绍了近年来在计算生物学和系统生物学中取得的突破性进展及其背后的数学原理。 第一部分:动力系统与细胞生物学 本部分深入剖析了利用常微分方程(ODE)和偏微分方程(PDE)描述生物系统动态行为的方法。重点关注细胞周期调控、信号转导网络以及基因调控回路的建模。 在细胞周期调控方面,本书详细阐述了如何构建非线性动力系统来捕捉细胞从一个阶段过渡到下一个阶段的复杂机制。这包括对关键周期蛋白(如细胞周期蛋白和CDK)相互作用的数学描述,以及如何通过相平面分析和分岔理论来理解细胞命运的决定和异常细胞(如癌细胞)增殖模式的产生。我们探讨了诸如B型分岔和Hopf分岔在解释细胞周期振荡和开关行为中的作用。 信号转导方面,本书引入了随机过程和化学反应网络理论。生物系统中,分子数量有限导致固有的随机性,尤其在低拷贝数情况下。我们详细讲解了Gillespie算法及其在模拟复杂信号通路(如MAPK通路)中的应用,并对比了确定性ODE模型与随机模型在预测系统行为上的差异和互补性。 第二部分:空间结构与形态发生 本卷的第二部分将焦点转向生物系统中的空间组织和模式形成问题。这部分的核心工具是偏微分方程,特别是反应-扩散方程。 形态发生(Morphogenesis)是生物学中的一个核心难题。本书系统地介绍了Alan Turing所开创的反应-扩散模型,解释了皮肤斑点、毛发生长和肢体发育等现象背后的数学机制。我们详细分析了通过限制性条件和初始条件的设定,如何从均匀状态中自发地产生周期性或非周期性的空间结构。 此外,本部分还扩展到更复杂的空间模型,如涉及到细胞迁移和细胞间粘附的场方程。通过对生物力学和生物物理学的交叉研究,本书展示了如何将弹性理论和流体力学原理融入到细胞群体的行为描述中,以解释组织重塑和伤口愈合过程。对膜的曲率、细胞骨架的动力学以及跨膜张力的数学描述占据了重要篇幅。 第三部分:种群生态学与宏观动力学 本书的第三部分将分析尺度提升到物种和生态系统的层面,着重于种群动态、生物入侵和疾病传播的数学刻画。 经典的Lotka-Volterra模型及其变体被用作理解物种间竞争、捕食关系和寄生现象的基础。本书不仅对这些模型进行了详尽的数学分析(如稳定性分析、极限环的发现),还引入了更具现实意义的结构化种群模型,例如基于年龄或阶段划分的模型。 在空间生态学方面,我们探讨了扩散对物种分布和生态系统边界的影响。基于反应-扩散方程的种群模型被用于预测物种入侵的速度和成功率,以及理解气候变化背景下物种地理分布的转变。 传染病模型的构建是本部分的一大亮点。从基础的SIR模型出发,本书逐步引入了更复杂的网络结构、空间异质性和潜伏期等因素,构建了SEIR、SIRS以及基于网络的流行病学模型。对基本再生数(R0)的严格数学定义和敏感性分析,是理解和控制疾病传播的关键。 第四部分:计算方法与大数据分析 随着实验生物学产生了海量的复杂数据,生物数学对计算工具的需求也日益迫切。本部分聚焦于解析和数值方法在处理生物学数据中的应用。 基因组学和蛋白质组学数据的分析是重点之一。本书介绍了矩阵分解技术(如主成分分析PCA和奇异值分解SVD)在降维和识别生物学模式中的应用。在网络生物学方面,图论和网络科学被用于分析蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)和代谢网络,探讨网络的鲁棒性、中心性指标及其与生物功能的关系。 此外,本书对贝叶斯推断和马尔可夫链蒙特卡洛(MCMC)方法在参数估计和模型选择中的应用进行了深入阐述。这些工具对于处理具有高度不确定性的生物学实验数据至关重要,能够提供可靠的概率分布估计,而非仅仅是点估计。 总结与展望 《生物数学(第2卷·第3版)》的最终目标是培养读者将复杂的生物学问题抽象为可解的数学模型,并能批判性地评估模型预测的能力。本书的深度和广度使其成为高年级本科生、研究生以及生命科学、物理学、工程学交叉领域研究人员的必备参考书。它不仅是关于“如何做”生物数学的指南,更是关于“为什么”这些数学工具如此强大的哲学性探讨。书中包含大量精心挑选的习题,旨在巩固读者的理论理解和计算技能。