內容簡介
《生物數學(第2捲·第3版)》近代生物數學方麵的名著。第三版,在原來版本的基礎上做瞭全麵修訂。近年來這個科目的茁壯成長和新知識點的不斷湧現,新的版本將原來的一捲集分成上下兩捲,擴大瞭知識容量,第二捲絕大多數是新增知識點。書中對生物學中的反應擴散方程和形態發生學的數學理論及最新研究成果作瞭全麵介紹,是學習與研究生物數學的一部不可多得的參考書。
內頁插圖
目錄
CONTENTS,VOLUME Ⅱ
Preface to the Third Edition
Preface to the First Edition
1.Multi-Species Waves and Practical Applications
1.1 Intuitive Expectations
1.2 Waves of Pursuit and Evasion in Predator-Prey Systems
1.3 Competition Model for the Spatial Spread of the Grey Squirrel in Britain
1.4 Spread of Genetically Engineered Organisms
1.5 Travelling Fronts in the Belousov-Zhabotinskii Reaction
1.6 Waves in Excitable Media
1.7 Travelling Wave Trains in Reaction Diffusion Systems with Oscillatory Kinetics
1.8 Spiral Waves
1.9 Spiral Wave Solutions of Reaction Diffusion Systems
Exercises
2.Spatial Pattern Formation with Reaction Diffusion Systems
2.1 Role of Pattern in Biology
2.2 Reaction Diffusion (Taring) Mechanisms
2.3 General Conditions for Diffusion-Driven Instability: Linear Stability Analysis and Evolution of Spatial Pattern
2.4 Detailed Analysis of Pattern Initiation in a Reaction Diffusion Mechanism
2.5 Dispersion Relation luring Space,Scale and Geometry Effects in Pattern Formation Models
2.6 Mode Selection and the Dispersion Relation
2.7 Pattern Generation with Single-Species Models: Spatial Heterogeneity with the Spruce Budworm Model
2.8 Spatial Patterns in Scalar Population Interaction Diffusion
Equations with Convection: Ecological Control Strategies
2.9 Nonexistence of Spatial Patterns in Reaction Diffusion Systems: General and Particular Results
Exercises
3.Animal Coat Patterns and Other Practical Applications of Reaction Diffusion Mechanisms
3.1 Mammalian Coat Patterns——How the Leopard Got Its Spots
3.2 Teratologies: Examples of Animal Coat Pattern Abnormalities
3.3 A Pattern Formation Mechanism for Butterfly Wing Patterns
3.4 Modelling Hair Patterns in a Whorl in Acetabularia
4.Pattern Formation on Growing Domains: Alligators and Snakes
4.1 Stripe Pattern Formation in the Alligator: Experiments
4.2 Modelling Concepts: Determining the Time of Stripe Formation
4.3 Stripes and Shadow Stripes on the Alligator
4.4 Spatial Patterning of Teeth Primordia in the Alligator: Background and Relevance
4.5 Biology of Tooth Initiation
4.6 Modelling Tooth Primordium Initiation: Background
4.7 Model Mechanism for Alligator Teeth Patterning
4.8 Results and Comparison with Experimental Data
4.9 Prediction Experiments
4.10 Concluding Remarks on Alligator Tooth Spatial Patterning
4.11 Pigmentation Pattern Formation on Snakes
4.12 Cell-Chemotaxis Model Mechanism
4.13 Simple and Complex Snake Pattern Elements
4.14 Propagating Pattern Generation with the Cell-Chemotaxis System
5.Bacterial Patterns and Chemotaxis
5.1 Background and Experimental Results
5.2 Model Mechanism for E coil in the Semi-Solid Experiments
5.3 Liquid Phase Model: Intuitive Analysis of Pattern Formation
5.4 Interpretation of the Analytical Results and Numerical Solutions
5.5 Semi-Solid Phase Model Mechanism for S typhimurium
5.6 Linear Analysis of the Basic Semi-Solid Model
5.7 Brief Outline and Results of the Nonlinear Analysis
5.8 Simulation Results,Parameter Spaces and Basic Patterns
5.9 Numerical Results with Initial Conditions from the~Experiments
5.10 Swarm Ring Patterns with the Semi-Solid Phase Model Mechanism
5.11 Branching Patterns in Bacillus subtilis
6.Mechanical Theory for Generating Pattern and Form in Development
6.1 Introduction,Motivation and Background Biology
6.2 Mechanical Model for Mesenchymal Morphogenesis
6.3 Linear Analysis,Dispersion Relation and Pattern Formation Potential
6.4 Simple Mechanical Models Which Generate Spatial Patterns with Complex Dispersion Relations
6.5 Periodic Patterns of Feather Germs
6.6 Cartilage Condensations in Limb Morphogenesis and Morphogenetic Rules
6.7 Embryonic Fingerprint Formation
6.8 Mechanochemical Model for the Epidermis
6.9 Formation of Microvilli
6.10 Complex Pattern Formation and Tissue Interaction Models
Exercises
7.Evolution,Morphogenetic Laws,Developmental Constraints and Teratologies
8.A Mechanical Theory of Vascular Network Formation
9.Epidermal Wound Healing
10.Dermal Wound Healing
11.Growth and Control of Brain Tumours
12.Neural Models of Pattern Formation
13.Geographic Spread and Control of Epidemics
14.Wolf Territoriality,Wolf-Deer Interaction and Survival
Appendix
A General Results for the Laplacian Operator in Bounded Domains
Bibliography
Index
前言/序言
生物數學(第2捲·第3版)[Mathematical Biology] 內容簡介 《生物數學(第2捲·第3版)》是一部深入探討利用數學工具和理論解決復雜生物學問題的權威著作。本書聚焦於現代生物學領域中新興且關鍵的數學建模方法,旨在為讀者提供一個全麵、嚴謹且富有洞察力的知識框架。本捲作為該係列的重要組成部分,尤其側重於將抽象的數學概念與具體的生物學現象緊密結閤,涵蓋瞭從細胞動力學到種群生態學,再到分子水平相互作用等多個尺度和層麵。 本書的結構經過精心設計,力求在廣度和深度上達到平衡。它不僅迴顧瞭生物數學領域中一些經典模型的理論基礎,更重要的是,它著重介紹瞭近年來在計算生物學和係統生物學中取得的突破性進展及其背後的數學原理。 第一部分:動力係統與細胞生物學 本部分深入剖析瞭利用常微分方程(ODE)和偏微分方程(PDE)描述生物係統動態行為的方法。重點關注細胞周期調控、信號轉導網絡以及基因調控迴路的建模。 在細胞周期調控方麵,本書詳細闡述瞭如何構建非綫性動力係統來捕捉細胞從一個階段過渡到下一個階段的復雜機製。這包括對關鍵周期蛋白(如細胞周期蛋白和CDK)相互作用的數學描述,以及如何通過相平麵分析和分岔理論來理解細胞命運的決定和異常細胞(如癌細胞)增殖模式的産生。我們探討瞭諸如B型分岔和Hopf分岔在解釋細胞周期振蕩和開關行為中的作用。 信號轉導方麵,本書引入瞭隨機過程和化學反應網絡理論。生物係統中,分子數量有限導緻固有的隨機性,尤其在低拷貝數情況下。我們詳細講解瞭Gillespie算法及其在模擬復雜信號通路(如MAPK通路)中的應用,並對比瞭確定性ODE模型與隨機模型在預測係統行為上的差異和互補性。 第二部分:空間結構與形態發生 本捲的第二部分將焦點轉嚮生物係統中的空間組織和模式形成問題。這部分的核心工具是偏微分方程,特彆是反應-擴散方程。 形態發生(Morphogenesis)是生物學中的一個核心難題。本書係統地介紹瞭Alan Turing所開創的反應-擴散模型,解釋瞭皮膚斑點、毛發生長和肢體發育等現象背後的數學機製。我們詳細分析瞭通過限製性條件和初始條件的設定,如何從均勻狀態中自發地産生周期性或非周期性的空間結構。 此外,本部分還擴展到更復雜的空間模型,如涉及到細胞遷移和細胞間粘附的場方程。通過對生物力學和生物物理學的交叉研究,本書展示瞭如何將彈性理論和流體力學原理融入到細胞群體的行為描述中,以解釋組織重塑和傷口愈閤過程。對膜的麯率、細胞骨架的動力學以及跨膜張力的數學描述占據瞭重要篇幅。 第三部分:種群生態學與宏觀動力學 本書的第三部分將分析尺度提升到物種和生態係統的層麵,著重於種群動態、生物入侵和疾病傳播的數學刻畫。 經典的Lotka-Volterra模型及其變體被用作理解物種間競爭、捕食關係和寄生現象的基礎。本書不僅對這些模型進行瞭詳盡的數學分析(如穩定性分析、極限環的發現),還引入瞭更具現實意義的結構化種群模型,例如基於年齡或階段劃分的模型。 在空間生態學方麵,我們探討瞭擴散對物種分布和生態係統邊界的影響。基於反應-擴散方程的種群模型被用於預測物種入侵的速度和成功率,以及理解氣候變化背景下物種地理分布的轉變。 傳染病模型的構建是本部分的一大亮點。從基礎的SIR模型齣發,本書逐步引入瞭更復雜的網絡結構、空間異質性和潛伏期等因素,構建瞭SEIR、SIRS以及基於網絡的流行病學模型。對基本再生數(R0)的嚴格數學定義和敏感性分析,是理解和控製疾病傳播的關鍵。 第四部分:計算方法與大數據分析 隨著實驗生物學産生瞭海量的復雜數據,生物數學對計算工具的需求也日益迫切。本部分聚焦於解析和數值方法在處理生物學數據中的應用。 基因組學和蛋白質組學數據的分析是重點之一。本書介紹瞭矩陣分解技術(如主成分分析PCA和奇異值分解SVD)在降維和識彆生物學模式中的應用。在網絡生物學方麵,圖論和網絡科學被用於分析蛋白質-蛋白質相互作用網絡(PPI)和代謝網絡,探討網絡的魯棒性、中心性指標及其與生物功能的關係。 此外,本書對貝葉斯推斷和馬爾可夫鏈濛特卡洛(MCMC)方法在參數估計和模型選擇中的應用進行瞭深入闡述。這些工具對於處理具有高度不確定性的生物學實驗數據至關重要,能夠提供可靠的概率分布估計,而非僅僅是點估計。 總結與展望 《生物數學(第2捲·第3版)》的最終目標是培養讀者將復雜的生物學問題抽象為可解的數學模型,並能批判性地評估模型預測的能力。本書的深度和廣度使其成為高年級本科生、研究生以及生命科學、物理學、工程學交叉領域研究人員的必備參考書。它不僅是關於“如何做”生物數學的指南,更是關於“為什麼”這些數學工具如此強大的哲學性探討。書中包含大量精心挑選的習題,旨在鞏固讀者的理論理解和計算技能。