宿主与细菌的相互作用 [Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols] pdf epub mobi txt 电子书 下载 2025

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[法] 安尼特·沃根斯特（Annette C.Vergunst） 著，郑福英，陈启伟，宫晓炜 译

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• 宿主-细菌相互作用
• 微生物组
• 免疫学
• 感染
• 病原体
• 分子生物学
• 细胞生物学
• 实验方法
• 研究方法
• 医学

出版社： 中国农业科学技术出版社

ISBN：9787511628411

版次：1

商品编码：12165164

包装：平装

外文名称：Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols

开本：16开

出版时间：2016-12-01

用纸：胶版纸

页数：313

字数：492000

正文语种：

内容简介

　　《宿主与细菌的相互作用》阐述了一系列研究宿主和细菌互作的*前沿的方法，覆盖哺乳动物、新型非哺乳动物感染模型、细胞生物学、组学及细菌遗传学。其目的就是提供一种技术途径，涉及细菌感染的病理生理学多方面操作技术，从动物整体水平到组织水平、细胞水平及分子水平。用于这些前沿技术的病原微生物很广泛，并非只是那些我们想试图阐明胞内感染机制的胞内寄生菌和兼性寄生菌。所以，每个章节介绍的操作技术可适用于大多数病原微生物。《宿主与细菌的相互作用》旨在为广大科研人员提供优化的实验操作步骤，以确保实验的成功；对实验方法部分，包括每一操作步骤进行了详尽的描述；而注释部分是实验操作人员亲自操作总结出来的实验心得和技巧，也是对实验方法的一个补充，可帮助大家更好地解决实验中出现的问题和困难。

内页插图

目录

第一篇 通过感染模型研究细菌的毒力
第一章 用大蜡螟作为感染模型进行筛选
1 前言
2 材料
2．1 细菌菌株和昆虫
2．2 注射装置和设备
2．3 细菌生长和溶液的配制
3 研究方法
3．1细菌准备
3．2 大蜡螟的准备和感染
注释
参考文献

第二章 肠道感染的动物模型——果蝇
1 前言
2 材料
2．1 果蝇的培养
2．2 果蝇的品系和处理
2．3 细菌培养
2．4 经口感染和生存分析
2．5 血淋巴中的细菌计数
2．6 吞噬作用的阻滞
2．7 肠道解剖
2．8 肠道固定
2．9 肠道免疫染色
2．10 将解剖后的肠道置于显微镜载玻片上，并进行成像和数据分析
2．11 SYTOX Green分析
2．12 Smurf试验
2．13 RNA提取
2．14 蛋白质提取
2．15 BONCAT方法监测整体的蛋白翻译
2．16 监测copper细胞区域的酸化
3 方法
3．1 经口感染
3．2 生存分析
3．3 果蝇体内全部的菌量
3．4 血淋巴中的细菌计数
3．5 肠上皮内的细菌数
3．6 吞噬作用的阻滞
3．7 肠道解剖
3．8 肠道的封闭和免疫染色
3．9 肠道组织涂片
3．10 SYTOX Green方法检测上皮的完整性
3．11 Smurf试验检测消化道的完整性
3．12 从成年果蝇的中肠提取RNA
3．13 从解剖的肠道中提取蛋白质
3．14 通过BONCAT方法监测蛋白质的合成
3．15 监测果蝇中肠泌酸区域的生理功能
注释
致谢
参考文献

第三章 斑马鱼胚胎作为动物模型研究细菌毒力
1 前言
1．1 显微注射
2 材料
2．1 取卵并准备注射
2．2 细菌培养和培养液的准备
2．3 显微注射
2．4 细菌增殖的分析
2．5 生存分析和活体成像的工具
2．6 qRT-PCR和RNA-Seq分析
3 方法
3．1 获取鱼卵并准备感染实验的胚胎
3．2 培养洋葱伯克氏菌用于感染及接种液的准备
3．3 显微注射
3．4 胚胎生存研究
3．5 测定细菌增殖解读细菌的毒力
3．6 在感染期的实时观测
……

第二篇 宿主与细菌在细胞层面的相互作用
第六章 Cre报告基因分析易位（CRAfT）：一种用于研究宿主细胞内蛋白转运的工具
第七章 宿主与细菌蛋白间相互关系的检测：真核核仁蛋白与弗朗西斯菌属延长因子Tu的相互作用
第八章 劫持宿主蛋白酶体以时序性降解细菌效应蛋白
第九章 军团杆菌感染期磷酸肌醇动力学活细胞成像
第十章 细菌蛋白干扰细胞凋亡的研究
第十一章 基于双分子荧光互补技术研究植物宿主内的微生物病原体蛋白质互作成像
第十二章 细菌感染小鼠树突状细胞的TLR信号应答研究第三篇 组学与大规模筛查
第十三章 利用果蝇细胞siRNA筛选鉴定宿主感染所需的因素
第十四章 胞内细菌的纯化：从宿主细胞中分离有活性的流产布鲁氏菌
第十五章 对斑马鱼感染模型流式细胞分选（FACS-Sorted）免疫细胞群RNA测序以识别细胞对细胞内病原体的特异性反应
第十六章 细菌高通量鸟枪蛋白质组学分析的捷径
第十七章 PATRIC生物信息学资源中心的比较基因组分析
……
第三篇 组学与大规模筛查
第四篇 难治性细菌的研究方法

前言/序言

　　细菌感染是宿主和病原之间一种复杂的互作过程。在过去的20年中，通过细菌遗传学、细胞生物学、免疫学以及宿主生理学各学科知识的整合，我们对传染性疾病致病机理有了更深刻的认识：同时也引导了“细胞微生物学”这一新领域的发展。早期科研主要从研究较为充分的沙门氏菌、志贺氏菌、李氏杆菌及简单的细胞模型Hela细胞开始。然而，这一领域的研究很快扩展到了其他病原菌及细胞系中。细胞微生物学有助于鉴定参与互作的细菌毒力因子和宿主靶标，以及这种互作是如何调节细胞并协助病原微生物的。最新的科研动态分别从细胞水平、组织水平及整体动物水平，对体内感染的病原生物进行了详尽的研究。
　　本书阐述了一系列研究宿主和细菌互作的最前沿的方法，覆盖哺乳动物、新型非哺乳动物感染模型、细胞生物学、组学及细菌遗传学。其目的就是提供一种技术途径，涉及细菌感染的病理生理学多方面操作技术，从动物整体水平到组织水平、细胞水平及分子水平。用于这些前沿技术的病原微生物很广泛，并非只是那些我们想试图阐明胞内感染机制的胞内寄生菌和兼性寄生菌。所以，每个章节介绍的操作技术可适用于大多数病原微生物。本书旨在为广大科研人员提供优化的实验操作步骤，以确保实验的成功；对实验方法部分，包括每一操作步骤进行了详尽的描述；而注释部分是实验操作人员亲自操作总结出来的实验心得和技巧，也是对实验方法的一个补充，可帮助大家更好地解决实验中出现的问题和困难。
　　早期的研究证明。感染模型可以帮助我们更好地认识传染病，而近些年，研究的焦点已从经典的哺乳动物、哺乳动物细胞模型转向无脊椎动物模型；本书第一篇的第一章和第二章介绍了感染模型小蜡螟幼虫和果蝇的运用；而在第二篇中介绍了非动物模型阿米巴原虫（第九章）及植物（第六章、第十一章）。斑马鱼是最新出现的一种感染动物模型，第三章介绍了研究人员利用斑马鱼遗传背景清晰及胚胎通体透明的特点，在感染后实时从细胞和动物水平评估宿主和病原体的互作。活体成像技术的进步促进了哺乳动物体内成像的发展，第四章介绍了使用高敏感度相机可以观察动物体内发光的细菌或细胞.而第五章介绍了双光子显微镜观察活体组织内细胞改变的相关内容。
　　为了全面认识细菌的毒力.从细胞和分子水平研究宿主和病原微生物的相互作用是必不可少的（第二篇）；通过植物和酵母细胞等一些替代模型，可以筛选和鉴定出在细菌分泌系统作用下发生易位的细菌蛋白和效应因子，并阐明细菌调控宿主防御系统以实现自身在体内繁殖的机制（第六章）；第七章介绍了当细菌毒力因子位于病原体表面或注入细胞内时，可以通过一种方法鉴定细菌毒力因子宿主靶位点的方法；同时也介绍了一些病原菌是如何调控细胞关键流程的，包括蛋白通过蛋白酶体降解（第八章）、’磷酸肌醇动力学（第九章）和细胞凋亡（第十章）；运用双分子互补技术，可以鉴定活体内相互作用的宿主和细菌蛋白。另外，本书还介绍了一种检测病原微生物通过TLR信号通路调节宿主先天性免疫途径的方法（第十二章）。
　　技术的进步引发了组学复杂数据的大爆炸（第三篇）。第十三章介绍果蝇细胞系可用于小RNA分子筛选，这有助于鉴定参与感染的宿主因子；第十四章介绍了如何从感染的细胞中纯化细菌，并用于蛋白质组和转录组分析；第十五章介绍了用流式细胞仪分选斑马鱼胚胎中吞噬细胞，并用于转录组的分析。本书还涉及了高通量蛋白质组学分析时样品的快速制备以及数据提取的方法（第十六章）；而这些研究所产生的大量数据，需要强大的生物信息学背景才能挖掘；第十七章介绍了细菌生物信息学资源中心（PATRIC），它是美国国立卫生研究院资助的数据库，致力于病原微生物的组学分析。
　　细菌病原体的遗传操作对阐明细菌与宿主互作的分子机制是至关重要的（第四篇）。本书的第十八章至第二十章介绍了调控专性细胞内寄生菌的技术。
　　在此要感谢所有为这本书做出贡献的科研人员，是他们推动这个领域的科研进步，并用他们专业的知识为大家提供了详尽的实验方案、操作步骤及实验心得。同时也非常感谢分子生物学部门的主编JohnWalker博士，感谢他给我们这次机会编著《宿主与细菌的相互作用》一书并给予的大力支持。
　　希望大家都能喜欢这本分子生物学著作。

好的，这是一份关于图书《宿主与细菌的相互作用：方法与方案集》的详细图书简介，内容完全围绕该书所涵盖的主题展开，不包含任何与该书主题无关的信息，旨在提供一本专业、严谨的科学参考书概述。 --- 《宿主与细菌的相互作用：方法与方案集》图书简介 导言：探索微观世界的动态平衡 人体和环境中的微生物群落是生命系统中不可或缺的组成部分。宿主与细菌之间的复杂、动态的相互作用，构成了健康、疾病以及生态平衡的基础。从肠道菌群对营养代谢的调控，到病原体感染引发的免疫应答，再到微生物组在环境适应中的作用，理解这些相互作用的分子机制和实验方法至关重要。《宿主与细菌的相互作用：方法与方案集》汇集了该领域前沿且经过验证的实验技术和研究方案，旨在为微生物学、免疫学、细胞生物学及相关领域的研究人员提供一套全面、实用的操作指南。 本书的定位是为实验室研究者提供详细、可操作的“操作手册”，涵盖了从微生物培养到复杂的体内外相互作用研究的全过程。它不仅介绍了研究这一复杂系统的理论背景，更侧重于实验设计的优化、关键步骤的精确执行以及数据分析的规范化。 第一部分：基础技术与微生物培养策略 本部分聚焦于研究所需的基石技术，确保研究者能够成功地获取、培养和鉴定相互作用中的关键微生物。 微生物的培养与鉴定： 厌氧与需氧菌培养： 详细阐述了不同类型的细菌（特别是难以培养的微生物，如肠道共生菌）在不同气体环境下的培养条件优化。这包括厌氧箱、烛缸系统、以及特定培养基（如哥伦比亚琼脂、血琼、M9 最小培养基）的制备与优化。 菌株的纯化与保存： 提供了从复杂样本（如粪便、组织匀浆）中分离纯培养物的逐步指南，以及高效的冻干、甘油冷冻保存技术，以维持菌株的遗传稳定性和生物学活性。 分子鉴定技术： 涵盖了基于 16S rRNA 基因测序、全基因组测序（WGS）以及质谱（MALDI-TOF MS）的细菌鉴定标准操作流程（SOP），确保物种和菌株级别的准确鉴定。 宿主细胞系的准备与维护： 上皮细胞与免疫细胞培养： 介绍了不同来源的宿主细胞（如 Caco-2、HT-29、巨噬细胞系 RAW264.7、J774A.1）的维持、传代以及功能性诱导方法。特别强调了维持细胞功能的特定培养基组分和血清选择。 原代细胞分离： 提供了从动物模型中分离和培养原代肠上皮细胞、肝细胞或脾脏淋巴细胞的无菌技术和优化方案，以最大限度地模拟生理环境。 第二部分：体外相互作用模型构建与分析 本部分深入探讨了在受控的体外环境中模拟宿主与细菌相互作用的实验系统和定量分析方法。 细菌感染与定殖模型： 细菌-细胞共培养（In Vitro Infection Assays）： 详述了细菌感染宿主细胞的经典方法，包括MOI（感染复数）的精确计算与调整、不同时间点下的细胞毒性测定（如 LDH 释放实验）。 细胞内生存与转运研究： 提供了抗生素冲洗法（Antibiotic Killing Assay），用于区分细胞外和细胞内细菌，并结合荧光标记技术追踪细菌在宿主细胞内的迁移路径。 生物膜（Biofilm）形成与解聚： 详细介绍了微量滴定板法和流式细胞术（CLSM）在评估细菌生物膜形成能力和对抗生素/免疫细胞攻击抵抗力方面的应用。 免疫学相互作用的体外研究： 宿主免疫细胞激活测定： 针对特定细菌成分（如 LPS、肽聚糖、鞭毛蛋白）刺激巨噬细胞或树突状细胞，测量关键细胞因子（如 TNF-$alpha$、IL-6、IL-1$eta$）的释放。方案中包含了 ELISA、Luminex 多重分析以及 qPCR 的标准化流程。 吞噬作用与清除实验： 利用荧光标记细菌或 Opsonization（调理）技术，定量测定宿主细胞对细菌的吞噬效率，以及随后的溶酶体融合与细菌清除过程。 第三部分：体内模型与高通量表征技术 研究宿主与细菌在活体内的动态相互作用需要精确的动物模型和先进的成像与组学技术。 动物模型构建与操作： 无菌（Germ-Free）与定殖（Colonization）动物模型： 详细说明了无菌小鼠的维持、转移技术，以及向传统小鼠模型中口服定殖特定细菌菌株的方法，包括定殖效率的评估指标（如粪便菌群负荷）。 感染与致病性模型： 提供了评估细菌毒力所需的LD50（半数致死剂量）测定流程，以及诱导特定感染部位（如肺部、肠道）炎症反应的方案，并强调了人道伦理规范的遵守。 遗传工程动物的应用： 介绍了使用条件性基因敲除小鼠（如 Cre-LoxP 系统）研究特定宿主因子（如 TLRs、NOD2）在细菌相互作用中作用的实验设计。 先进的组学与成像分析： 宏基因组学与代谢组学： 阐述了从粪便、组织或体液样本中提取高质量 DNA/RNA 的方法，用于宏基因组测序（Shotgun Metagenomics）以解析菌群结构，以及非靶向/靶向代谢组学以鉴定细菌和宿主产生的关键代谢物（如短链脂肪酸、胆汁酸）。 空间转录组学与免疫组化（IHC/IF）： 提供了在组织切片上定位特定细菌群落并同时分析宿主免疫细胞浸润的联合染色方案。着重介绍了使用FISH（荧光原位杂交）技术可视化特定细菌在组织微环境中的空间分布。 第四部分：数据分析、生物信息学与定量评估 成功的相互作用研究依赖于对复杂数据的准确解释。本部分提供了从原始数据到有意义生物学结论的转化工具。 微生物组数据处理流程： 质量控制与去噪： 16S rRNA 或 WGS 原始序列数据的清洗、去噪、比对和操作分类单元（OTU）或物种分配的标准流程。 多样性与功能分析： 提供了 Alpha（内群落）和 Beta（群落间）多样性指标的计算（如 Chao1, Shannon, PCoA），以及基于 PICRUSt 或 Tax4Fun 的宏基因组功能预测方法。 宿主反应的定量评估： 生物统计学基础： 强调了在比较不同实验组（如处理组 vs. 对照组）时，应采用的统计检验方法（如 T 检验、ANOVA、非参数检验）的选择准则，以及数据正态性检验的重要性。 通路富集分析： 指导研究者如何利用 KEGG、GO 数据库对功能基因或宿主免疫通路数据进行富集分析，以识别相互作用的关键调控网络。 结论与展望 《宿主与细菌的相互作用：方法与方案集》不仅是一本方法汇编，更是该领域研究策略的综合体现。通过提供从基础培养到前沿组学分析的完整框架，本书致力于推动研究者们以更高标准、更严谨的方法，去揭示宿主与细菌共存系统中隐藏的生命规律。本书的价值在于其即时性和可重复性，确保研究工作能够稳健、可靠地推进，最终加深我们对健康维护和疾病干预的理解。

评分☆☆☆☆☆

“宿主与细菌的相互作用”——这个标题本身就勾勒出一幅宏大的画卷，而“方法与协议”则将其具象化，指向了具体的科学实践。我一直以来都对微生物学，特别是其中与人类健康息息相关的部分充满了浓厚的兴趣。我们知道，人体并非一个孤立的生态系统，而是与数以万亿计的细菌共同构成了复杂的微生态平衡。这种平衡一旦被打破，就可能引发各种疾病。这本书的出现，仿佛是一本“探险指南”，为我打开了一扇通往更深层次理解的大门。我猜测，它会详尽地介绍各种先进的实验技术，比如如何精确地分离鉴定特定的细菌，如何利用流式细胞术来分析细菌与宿主细胞的相互作用，或者如何使用质谱技术来检测相互作用产生的代谢产物。它甚至可能涵盖如何设计和执行一项涉及基因组学、转录组学或蛋白质组学的大规模研究，以全面解析宿主与细菌之间的复杂调控网络。我期待这本书能让我掌握这些前沿的研究工具，去亲身感受那些肉眼看不见的生物化学反应和信号传递，去揭示宿主与细菌之间那份微妙而深刻的共生或对抗的真相，并最终将这些知识转化为对人类健康的深刻洞察。

评分☆☆☆☆☆

《宿主与细菌的相互作用 [Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols]》这个书名，让我想象到了一种能够连接基础理论与实际操作的桥梁。作为一名对生命科学前沿研究充满好奇心的旁观者，我对宿主与细菌之间那盘根错节的关系始终感到着迷。我们身体的每一个角落都栖息着无数的微生物，它们扮演着至关重要的角色，从帮助消化到塑造免疫系统，甚至影响着我们的情绪和行为。然而，要深入理解这些微观世界的互动，绝非易事。这本书的出现，似乎为我们提供了一套“操作手册”，让我们能够以一种科学、严谨的方式去探究这些复杂的生命过程。我脑海中浮现出无数的可能性：这本书是否会详细讲解如何利用基因编辑技术来探究特定细菌基因的功能？是否会介绍如何进行高通量筛选，以识别能够影响宿主细胞行为的细菌信号分子？又或者，它是否会提供一套标准化的实验方案，让我们能够重现那些令人惊叹的研究成果？我渴望从这本书中获得知识和启发，去理解那些隐藏在微生物世界背后的精密机制，去探索它们如何与宿主共同演化，共同生存，甚至共同进化，为理解生命本身的复杂性提供新的视角。

评分☆☆☆☆☆

这本《宿主与细菌的相互作用》的书名一听就让人心生好奇，尤其是“方法与协议”这几个字，暗示着这本书并非泛泛而谈，而是深入到实际操作层面。作为一名对微生物领域抱有极大热情的学生，我一直希望能找到一本既有理论深度，又能指导实践的教材。阅读这本书的书名，我脑海中浮现出无数的场景：实验室里，我可能正准备着进行一次复杂的共培养实验，需要精确控制条件；或者在显微镜前，仔细观察宿主细胞与入侵的细菌之间微妙的动态变化；又或者在分析海量基因组数据，试图解开隐藏在表象之下的互作机制。这本书似乎就是为解决这些实际难题而生，它可能教会我如何设计严谨的实验，如何选择最合适的检测手段，以及如何规范地记录和分析结果。想到这里，我迫不及待地想翻开它，去了解那些隐藏在“宿主与细菌相互作用”背后的科学方法，希望它能成为我探索这个复杂而迷人世界的得力助手，帮助我克服研究中的种种挑战，从理论走向实践，在分子层面理解这对古老搭档的恩怨情仇。

评分☆☆☆☆☆

《宿主与细菌的相互作用 [Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols]》这个书名，如同一个精心设计的邀请函，邀请读者走进一个充满未知与惊喜的科学领域。作为一名热衷于探索生命奥秘的爱好者，我一直对微生物与宿主之间的复杂关系深感着迷。我们身体就像一个微型宇宙，栖息着数量庞大、种类繁多的细菌，它们既可以是健康的守护者，也可以是疾病的制造者。要理解这一切，仅仅停留在理论层面是远远不够的，必须要有实操的依据和规范的方法。《宿主与细菌的相互作用 [Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols]》似乎正是为此而生。我期待着在这本书中找到解答，比如，书中是否会提供详细的步骤来培养和分离特定的细菌群落？是否会介绍如何利用 CRISPR-Cas9 等基因编辑技术来深入探究宿主或细菌基因的功能？是否会涵盖各种先进的成像技术，例如超分辨率显微镜，来观察微观层面的细胞互动？我希望这本书能以清晰、简洁的方式，带领我一步一步地掌握这些关键的研究方法，让我能够更有信心地去设计实验，分析数据，并最终在科学研究的道路上取得突破，去揭示宿主与细菌之间那令人着迷的互动机制，从而为理解生命、疾病以及健康带来新的启示。

评分☆☆☆☆☆

这本书的书名《宿主与细菌的相互作用 [Host-Bacteria Interactions Methods and Protocols]》立刻抓住了我的眼球，因为它触及了一个我长期以来深感兴趣，却又觉得门槛颇高的领域。我一直对生物体内部的微观世界充满了敬畏，特别是那些数量庞大、功能多样的细菌，它们与我们的身体之间并非简单的“寄生”或“共生”关系，而是复杂而动态的相互作用。这本书的副标题“方法与协议”更是让我看到了希望，它暗示着这本书将提供一套系统性的指导，帮助研究者掌握探索这些相互作用的先进技术和实验流程。我常常想象，这本书中会详细介绍如何分离和培养特定的细菌菌株，如何利用先进的成像技术来可视化它们在宿主细胞内的活动，甚至是如何通过分子生物学手段来揭示信号传导通路和免疫应答机制。它可能还会涵盖如何进行宏基因组学分析，以研究肠道微生物群落的组成及其与宿主健康的关系。总而言之，我期待这本书能像一位经验丰富的导师，一步一步地引导我，让我能够自信地投入到宿主与细菌相互作用的研究中，揭开这个领域令人着迷的奥秘。