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書名：DNA和蛋白質序列數據分析工具（第三版）

作者：薛慶中 等 著

ISBN ：9787030345097

齣版社：科學齣版社

齣版時間：2012-06-01

印刷時間：2012-06-01

字數：452000

頁數:356頁

開本：16開

包裝：平裝

重量：581g

定價：128元

內容簡介

近年來新一代測序技術的研發和應用，極大地推動瞭基因組科學的發展，也給基因組數據分析帶來巨大的新挑戰。《生物信息學數據分析叢書：DNA和蛋白質序列數據分析工具（第三版）》書17章，分彆從基因組學、蛋白質組學、係統生物學三個層次詳細介紹瞭常用的基因數據庫和網絡工具；為適應Windows7的環境，將BioPerl程序包的數據分析做瞭重排使其更易操作。尤其是增添瞭新一代測序數據分析實例，包括SNVs和Indel識彆、小RNA-seq分析、枯草杆菌全基因組序列拼接：並對Bowtie等讀序列定位工具和UCSC瀏覽器的使用做介紹。

《生物信息學數據分析叢書：DNA和蛋白質序列數據分析工具（第三版）》內容深入淺齣、圖文並茂。書中提及的各種方法均有充實的例證並附上相關數據和圖錶，供讀者理解和參考；書後還附有中英文的專業術語和詞匯。可作為對基因組學、蛋白質組學、生物信息學感興趣的本科生、研究生和研究人員學習、研究的重要工具手冊。

目錄

第三版前言 

第二版前言 

**版前言 

第1章序列比對工具BLAST和ClustalX 

1.1BLAST搜索程序 

1.2本地運行BLAST（Windows係統） 

1.3多序列比對（ClustalX） 

參考文獻 

第2章真核生物基因結構的預測 

2.1基因可讀框的識彆 

2.2CpG島、轉錄終止信號和啓動子區域的預測 

2.3基因密碼子偏好性計算：CodonW的使用 

2.4采用mRNA序列預測基因：Spidey的使用 

2.5ASTD數據庫簡介 

參考文獻 

第3章電子剋隆 

3.1種子序列的搜索 

3.2序列拼接 

3.3在水稻數據庫中的電子延伸 

3.4電子剋隆有關事項的討論 

參考文獻 

第4章分子進化遺傳分析工具（MEGA 5） 

4.1序列數據的獲取和比對 

4.2進化距離的估計 

4.3分子鍾假說的檢驗 

4.4係統進化樹構建 

參考文獻 

第5章蛋白質結構與功能預測 

5.1蛋白質信息數據庫 

5.2蛋白質一級結構分析 

5.3蛋白質二級結構預測 

5.4蛋白質傢族和結構域 

5.5蛋白質三級結構預測 

5.6蛋白質結構可視化工具 

參考文獻 

第6章序列模體的識彆和解析 

6.1MEME程序包 

6.2通過MEME識彆DNA或蛋白質序列中模體 

6.3通過MAST搜索序列中的已知模體 

6.4通過GLAM2識彆有空位的模體 

6.5通過GLAM2SCAN搜索序列中的已知模體 

6.6應用TOMTOM與數據庫中的已知模體進行比對 

6.7應用GOMO鑒定模體的功能 

6.8應用MCAST搜索基因錶達調控模塊 

6.9應用MEME—ChIP發現DNA序列模體 

6.10應用SPAMO推測轉錄因子的結閤位點 

6.11應用DREME發現短的正則錶達模體 

6.12應用FIMO尋找數據庫已知的模體 

6.13應用CentiMo尋找主要的富集模體 

參考文獻 

第7章蛋白質譜數據分析 

7.1生物質譜技術的基本原理 

7.2X！Tandem軟件 

7.3Mascot軟件 

7.4Sequest軟件 

7.5蛋白質組學數據統計分析TPP軟件 

參考文獻 

第8章基因芯片數據處理和分析 

8.1芯片數據的獲取和處理 

8.2芯片數據聚類分析和差異錶達基因篩選 

8.3GenMAPP芯片數據的可視化 

8.4通過GEO檢索和提交芯片數據 

8.5應用DAVID工具對芯片數據功能注釋和分類 

參考文獻 

第9章GO基因本體和KEGG代謝途徑分析 

9.1Gene Ontology數據庫 

9.2KEGG數據庫 

參考文獻 

第10章係統生物學網絡結構分析 

10.1Cytoscape軟件簡介 

10.2Cytoscape軟件安裝 

10.3Cytoscape基本操作 

10.4應用BiNGO插件進行基因注釋 

10.5應用BioQuali插件進行基因錶達分析 

10.6應用Agilent Literature Search插件進行文獻搜索 

10.7鏈接BOND數據庫做網絡分析 

10.8應用插件Cytoprophet預測潛在蛋白和結構域的相互作用 

參考文獻 

第11章Bioperl模塊數據分析及其安裝 

11.1概述 

11.2Bioperl重要模塊簡介和腳本實例 

11.3Bioperl安裝 

參考文獻 

第12章讀序列（ reads）定位軟件Bowtie 

12.1Bowtie特性 

12.2Burrows—Wheeler （BW）轉換程序 

12.3不要求精確的比對搜索 

12.4迴溯過量錶達 

12.5階段搜索 

12.6Bowtie的輸齣格式 

參考文獻 

第13章UCSC基因組瀏覽器 

13.1基因分類器（Gene sorter）工具 

13.2基因組瀏覽器（Genome Browser） 

13.3蛋白質組瀏覽器（Proteome Browser） 

13.4錶瀏覽器（Table Browser） 

參考文獻 

第14章SNVs和Indel識彆分析方法及工具 

14.1Bowtie工具 

14.2samtools軟件包 

14.3識彆單核營酸多態性（SNP） 

14.4尋找同義突變和非同義突變 

14.5發現讀框內插入缺失（in—frame indel） 

14.6發現其他類型的突變 

參考文獻 

第15章小RNA高通量測序數據分析 

15.1數據分析流程 

15.2Rfam數據庫 

15.3miRBase數據庫 

15.4應用mfold預測RNA二級結構 

15.5應用miRAlign搜索miRNA 

15.6應用TargetScan預測miRNA的靶基因 

參考文獻 

第16章RNA測序（RNA—Seq）分析 

16.1TopHat的分析流程 

16.2轉錄組讀序列比對 

16.3獲得基凶錶達譜及轉錄物錶達譜 

16.4差異錶達基因鑒定及注釋 

16.5SNPs／SNVs及InDels鑒定與注釋 

16.6選擇性剪切（alt DNA和蛋白質序列數據分析工具（第三版） 下載 mobi epub pdf txt 電子書