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內容簡介

　　隨著蛋白質組學技術自身及其在生命科學與醫學應用中的快速發展，許多生物信息學方法、數據庫和軟件被開發齣來並成功用於比較蛋白質組學研究。在《新生物學叢書：比較蛋白質組學的生物信息學（影印版）》中，專傢描述瞭相關領域中最新的現狀、挑戰、所麵臨的開放性問題、以及未來的發展趨勢。《新生物學叢書：比較蛋白質組學的生物信息學（影印版）》內容涉及發展比較蛋白質組學研究所需的生物信息學工具和資源，為瞭解該領域提供瞭具有相當廣度和深度的知識體係和引用參考。這些對於在實驗中獲得理想的結果至關重要。《新生物學叢書：比較蛋白質組學的生物信息學（影印版）》內容全麵、易於使用，對所有希望瞭解蛋白質組學數據分析和係統生物學層麵上比較蛋白質組學的生物信息學數據庫、工具、新計算方法及其未來發展趨勢的讀者都有所裨益。

目錄

Preface

Contributors

PART I： BIOINFORMATICS FRAMEWORK FOR COMPARATIVE PROTEOMICS

1 Protein Bioinformatics Databases and Resources

Churning Chen， Hongzhan Huang， and Cathy H． Wu

2 A Guide to UniProt for Protein Scientists

Claire O'Donovan and Rolf Apweiler

3 InterPro Protein Classification

Jennifer McDowall and Sarah Hunter

4 Reactome Knowledgebase of Human Biological

Pathways and Processes

Peter D'Eustachio

5 eFIP： A Tool for Mining Functional Impact

of Phosphorylation from Literature

Cecilia N． Arighi， Amy Y． Siu， Catalina O． Tudor，

Jules A． Nchoutrnboube， Cathy It． Wu， and Vijay K． Shanker

6 A Tutorial on Protein Ontology Resources for Proteomic Studies

Cecilia N． Arighi

7 Structure-Guided Rule-Based Annotation． of Protein

Functional Sites in UniProt Knowledgebase

Sona Vasudevan， C．R． Vinayaka， Darren A． Natale，

Hongzhan Huang， Robel Y． Kahsay， and Cathy H． Wu

PART II： PROTEOMIC BIOINFORMATICS

8 Modeling Mass Spectrometry-Based Protein Analysis

Jan Eriksson and David Feny

9 Protein Identification from Tandem Mass Spectra

by Database Searching

Nathan J． Edwards

10 LC-MS Data Analysis for Differential

Protein Expression Detection

Rency S． Varghese and Habtorn W． Ressom

11 Protein Identification by Spectral Networks Analysis

Nuno Bandeira

12 Software Pipeline and Data Analysis for MS/MS Proteomics：

The Trans-Proteomic Pipeline

Andrew Keller and David Shteynberg

13 Analysis of High-Throughput ELISA Microarray Data

Amanda M． White， Don S． Daly， and Richard C． Zangar

14 Proteomics Databases and Repositories

Lennart Martens

15 Preparing Molecular Interaction Data for Publication

Sandra Orchard and Henning Hermjakob

16 Submitting Proteomics Data to PRIDE Using PRIDE Converter

Harald Barsnes， Juan Antonio Vizcalno， Florian Reisinger，

Ingvar Eidhammer， and Lennart Martens

17 Automated Data Integration and Determination of

Posttranslational Modifications with the Protein Inference Engine

Stuart R． Jefferys and Morgan C． Giddings

18 An Integrated Top-Down and Bottom-Up Strategy

for Characterization of Protein Isoforms and Modifications

Si Wu， Nikola Toli， Zhixin Tian， Errol W． Robinson，

and Ljiljana Paa- Toli

PART III： COMPARATIVE PROTEOMICS IN SYSTEMS BIOLOGY

19 Phosphoproteome Resource for Systems Biology Research

Bernd Bodenmiller and Ruedi Aebersold

20 Protein-Centric Data Integration for Functional Analysis of

Comparative Proteomics Data

Peter B． McGarvey， Jian Zhang， Darren A． Natale，

Cathy H． Wu， and Hongzhan Huang

21 Integration of Proteomic and Metabolomic Profiling

as well as Metabolic Modeling for the Functional

Analysis of Metabolic Networks

Patrick May， Nils Christian， Oliver Ebenhh，

Wolfram Weckwerth， and Dirk Walther

22 Time Series Proteome Profiling

Catherine A． Formolo， Michelle Mint4 Asako Takanohashi，

Kristy J． Brown， Adeline Vanderver， Brian Halligan，

and Yetrib Hathout

Index

前言/序言

新生物學叢書：比較蛋白質組學的生物信息學（影印版） 下載 mobi epub pdf txt 電子書

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