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內容簡介

　　《核酸適配體手冊：功能性寡核苷酸及其應用》圍繞功能性寡核苷酸及其應用，係統介紹瞭核酸適配體的體外篩選原理、技術方法以及近年來在基礎醫學、臨床診斷、藥物研究等方麵的應用。主要包括各種靶分子的適配體體外篩選技術；用核酸適配體作為藥理探針在體內和體外確定靶標、蛋白功能分析、活體成像和適配體在臨床治療研究中的應用等。書中內容均為該領域最新研究成果，其介紹的內容和方法對於國內適配體研究工作者具有指導意義和良好參考價值。

作者簡介

　　屈鋒，北京理工大學，教授，研究方嚮為生物醫學分析檢測和生物分離。研究內容涉及：蛋白質與核酸分析及相互作用；核酸適配體篩選；蛋白質組學分析方法；細胞活性分析及毒性物質評價；微生物特性及分析檢測。主持和承擔國傢級科研項目：973《蛋白質分析鑒定新技術與新方法》；科技部“十一五”科技支撐計劃《高通量蛋白質分離檢測係統的研製與開發》；國傢自然科學基金麵上項目《基於模式病原菌全細胞核酸適配體的毛細管電泳篩選方法研究》等。

目錄

第1篇 曆史和理論背景
第1章 體外篩選功能性寡核苷酸及其生物化學活性的起源
James M Carothers 和 Jack W�盨zostak著；屈鋒 譯
1.1 引言
1.2 體外篩選的簡短曆史
1.3 體外篩選産生適配體、核酶、脫氧核酶的啓示
1.4 閤成學方法用於理解功能核酸的自然起源
1.5 最新的技術發展和未來的方嚮
1.6 小結
緻謝
參考文獻

第2章 RNA進化的數學模型、計算機模擬和體外篩選的概念
Peter Schuster 著；宋丹丹 譯
2.1 從早期的實驗和理論到中性網絡的概念
2.1.1 試管中的進化
2.1.2 分子進化的動力學理論
2.1.3 序列空間和形狀空間
2.2 RNA結構、熱力學和動力學摺疊
2.2.1 最小自由能的二級結構
2.2.2 逆摺疊
2.2.3 次優構象與動力學摺疊
2.2.4 共摺疊和DNA參數
2.3 中性網絡和計算機模擬分子進化
2.3.1 序列空間中的中性網絡
2.3.2 計算機模擬RNA進化
2.3.3 計算機模擬進化的經驗教訓
2.4 設計的和天然的RNA開關
2.5 RNA設計未來存在的問題展望
緻謝
參考文獻

第3章 適配體進化中的適應性麯麵，錯誤閾值和輔助因子
dám Kun，Marie�睠hristine Maurel，Mauro Santos and E�塺s Szathmáry 著；宋丹丹 譯
3.1 引言
3.2 從實例中推導的函數麯麵
3.2.1 適應性麯麵
3.2.2 核酶參與的損傷篩選實驗
3.2.3 適應性麯麵的構建
3.2.4 案例研究：脈孢菌VS核酶的適應性麯麵
3.3 從函數麯麵推斷的錯誤閾值：脈孢菌VS核酶的“真實”錯誤閾值
3.4 尋找催化的伴侶：輔助因子和適配體
3.4.1 聯閤�埠嗣福ǜㄖ�因子輔助的核酶）
3.4.2 適配體酶
3.5 輔酶的運用：通過翻譯和遺傳密碼，從RNA世界到蛋白質世界
3.6 展望
緻謝
參考文獻

第2篇 靶標結閤的寡核苷酸的體外篩選

第4章 小分子的適配體
Heiko Fickert，Iris G�盕ransson和Ulrich Hahn 著；趙新穎 譯
4.1 引言
4.2 核苷酸、核苷和堿基的適配體
4.3 輔助因子的適配體
4.4 氨基酸的適配體
4.5 糖的適配體
4.6 天然産物的適配體
4.7 有機或熒光染料的適配體
4.8 嵌閤的適配體篩選方法
4.9 小結
緻謝
參考文獻

第5章 抗生素的適配體
Christina Lorenz和Renée Schroeder 著；趙新穎 譯
5.1 引言
5.2 與RNA結閤的抗生素
5.3 四環素的適配體
5.4 鏈黴素的適配體
5.5 氨基糖苷的適配體
5.6 氯黴素的適配體
5.7 肽類抗生素紫黴素的適配體
5.7.1 肽類抗生素紫黴素作為初始的前導分子
5.8 從抗生素結閤的適配體中我們學到瞭什麼？
緻謝
參考文獻

第6章 蛋白質的適配體
Shahid M�盢imjee，Christopher P�盧usconi and Bruce A�盨ullenger 著；呂雪飛 譯
6.1 前言
6.2 蛋白質抑製劑適配體的性質
6.3 細胞因子/生長因子
6.3.1 血管內皮生長因子（VEGF）
6.3.2 人乾擾素
6.3.3 血管生成素��
6.3.4 堿性成縴維細胞生長因子
6.3.5 血小闆衍生生長因子
6.4 核酸結閤蛋白
6.4.1 HIV 1 Tat
6.4.2 HIV 1 Rev
6.4.3 HIV反轉錄酶
6.4.4 轉錄因子 E2F
6.4.5 核因子 Kappa B
6.5 絲氨酸蛋白酶
6.5.1 丙型肝炎病毒 NS3（HSV NS3）
6.5.2 人嗜中性粒細胞彈性蛋白酶
6.5.3 凝血酶
6.5.4 Ⅶa因子
6.5.5 Ⅸa因子
6.6 抗體/免疫球蛋白
6.6.1 抗胰島素受體的抗體MA20
6.6.2 乙酰膽堿受體的單剋隆抗體（MAb）
6.6.3 免疫球蛋白E
6.6.4 細胞毒性T細胞抗原
6.7 細胞錶麵受體/細胞黏附分子
6.7.1 P 選擇素
6.7.2 L 選擇素
6.7.3 前列腺特異性膜抗原
6.7.4 剋氏錐蟲
6.8 補體蛋白——人補體C
6.9 細胞外膜蛋白——肌腱蛋白C
6.10 脂蛋白——人非胰腺分泌的磷脂酶A
6.11 阮病毒蛋白——阮病毒蛋白PrPSc
6.12 多肽類
6.12.1 Ghrein/胃促生長素
6.12.2 神經肽降鈣素基因相關肽
6.12.3 促性腺激素釋放激素
6.12.4 神經肽痛敏肽/孤啡肽FQ
6.13小結
參考文獻

第7章 核酸結構的適配體
Jean Jacques Toulmé，Fabien Darfeuille，Carmelo Di Primo 和 Eric Dausse 著；呂雪飛 譯
7.1 引言
7.2 雙鏈核酸的適配體
7.3 環環間的相互作用
7.3.1 RNA RNA “親吻”復閤物
7.3.2 DNA RNA“親吻”復閤物
7.3.3 雙RNA RNA“親吻”環作用
7.3.4 頂環-內環相互作用
7.4 化學修飾的適配體識彆RNA靶標
7.5 基於核酸靶標的適配體的生物學特性
7.6 小結
緻謝
參考文獻

第8章 核糖開關：天然的代謝物結閤RNA調控基因錶達
Adam Roth，Rüdiger Welz，Ronald R�盉reaker 著；張小莉 譯
8.1 引言
8.2 核糖開關的基因調控
8.3 核糖開關的適配體結閤域
8.4 特異性識彆鳥嘌呤和腺嘌呤的天然適配體
8.5 適配體結構的高分辨分析
8.6 甘氨酸核糖開關
參考文獻

第3篇 具有催化活性的短鏈寡核苷酸的體外篩選

第9章 具有催化活性的RNA分子：有機化學中的工具
Barbara Sylvia Weigand，Andreas Zerressen，J rg C Schlatterer，Mark Helm和 Andres J schke 著；高培峰 譯
9.1 引言
9.2 具有催化活性的生物大分子
9.3 核酶的從頭構建
9.4 核酶的催化譜
9.5 小結
參考文獻

第10章 脫氧核酶：具有催化活性的DNA分子
Kenny Schlosser，Simon A�盡cManus，Yingfu Li 著；屈鋒，高培峰 譯
10.1 DNA催化能力的最初證明
10.1.1 剪切RNA的DNA核酶
10.1.2 連接DNA的脫氧核酶
10.1.3 催化卟啉金屬化的DNA
10.2 兩種剪切RNA的脫氧核酶的故事
10.2.1 1023和817的體外篩選及二級結構
10.2.2 1023用於基因治療
10.2.3 1023的其他用途
10.2.4 87的功用
10.2.5 體外篩選實驗中817的重現
10.3 其他的脫氧核酶
10.3.1 其他剪切RNA的脫氧核酶
10.3.2 催化RNA連接的脫氧核酶
10.3.3 催化DNA剪切的DNA核酶
10.3.4 修飾DNA的DNA核酶
10.3.5 催化磷酸二酯鍵形成的DNA酶
10.3.6 催化胸腺嘧啶二聚體修復的脫氧核酶
10.3.7 具有外來功能的DNA酶
10.4 展望
參考文獻

第4篇 應用和展望

第11章 核酸適配體作為藥理探針的體內外靶標確認
P Shannon Pendergrast 和 David M Epstein著；李玉娟 譯
11.1 引言
11.2 核酸適配體作為藥理探針用於靶標確認
11.3 基因或mRNA敲除對靶標確認的限製
11.4 核酸適配體用於靶標確認
11.4.1 適配體用於細胞內靶標的體外確認
11.4.2 適配體用於細胞內外靶標的體內確認
11.5 小結
參考文獻

第12章 用於蛋白功能分析和藥物發現的內配體
Michael Famulok 和 Günter Mayer著；屈鋒 譯
12.1 引言
12.2 內配體：細胞內的適配體
12.3 適配體作為抑製劑篩選的探針
12.4 小結
緻謝
參考文獻

第13章 適配體酶：彆構核酶和脫氧核酶作為生物傳感器
Scott M Knudsen 和 Andrew D Ellington 著；屈鋒 譯
13.1 引言
13.1.1 寡核苷酸依賴的適配體酶
13.1.2 非核酸效應子的激活
13.2 通過閤理設計和體外篩選的方法創建適配體酶
13.2.1 閤理設計適配體酶
13.2.2 體外適配體酶篩選
13.3 效應子激活
13.4 適配體酶結構和功能的多樣性
13.5 生物學和生物技術應用中的適配體酶
13.5.1 作為生物傳感器的適配體酶
13.5.2 適配體酶作為分子的邏輯門
13.5.3 適配體酶陣列
13.5.4 適配體酶的體內應用
緻謝
參考文獻

第14章 適配體轉化為小分子先導化閤物
Andreas Jenne 著；李玉娟 譯
14.1 引言
14.2 閤理的藥物設計
14.3 生化篩選
14.4 小結
緻謝
參考文獻

第15章 適配體作為配體在親和色譜和毛細管電泳中的應用
Eric Peyrin 著；趙新穎 譯
15.1 引言
15.2 親和液相色譜（和電色譜）中的配體
15.2.1 親和色譜的一般原理
15.2.2 蛋白質的分離/純化
15.2.3 小分子的分離
15.2.4 特定靶標的手性分離
15.3 親和毛細管電泳中適配體作為配體
15.3.1 親和毛細管電泳的一般原理
15.3.2 親和毛細管電泳用於靶蛋白的定量分析
15.4 小結
參考文獻

第16章 用於體內成像的適配體
Sandra Borkowski 和 Ludger M Dinkelborg 著；屈鋒，樂勝鋒 譯
16.1 體內成像：模式和要求
16.1.1 成像模式
16.1.2 成像的要求
16.2 體內成像用適配體
16.2.1 體內應用的寡核苷酸性質
16.2.2 不同類型的靶嚮試劑比較
16.2.3 用於成像的適配體靶
16.3 適配體的標記
16.3.1 SPECT所用的同位素
16.3.2 PET所用的同位素
16.4 SPECT和PET成像中的寡核苷酸
16.4.1 非靶嚮適配體
16.4.2 反義寡核苷酸
16.4.3 靶嚮適配體
16.5 展望
參考文獻

第17章 治療用適配體的性質
Sharon T Cload，Thomas G McCauley，Anthony D Keefe，Judith M Healy和Charles Wilson著；李玉娟 譯
17.1 引言
17.2 適配體靶標
17.2.1 細胞錶麵的靶標
17.2.2 細胞內的靶標
17.2.3 細胞外靶標
17.3 適配體結閤的特點
17.3.1 適配體的親和性
17.3.2 適配體的特異性
17.3.3 適配體結閤動力學
17.3.4 結閤與功能
17.4 適配體的化學修飾
17.4.1 2′修飾
17.4.2 3′端加帽
17.4.3 5′端加帽
17.4.4 磷酸鹽取代
17.4.5 堿基修飾
17.4.6 聚乙二醇
17.4.7 脂質標簽
17.4.8 肽標簽
17.5 適配體的給藥途徑
17.5.1 非腸道
17.5.2 與生物製劑比較
17.6 替代適配體製劑的機遇
17.6.1 儲庫給藥
17.6.2 局部給藥
17.6.3 口服給藥
17.6.4 肺部給藥
17.6.5 眼部給藥
17.7 適配體的藥物動力學和生物分布
17.7.1 關鍵的藥物動力學和生物分布的參數
17.7.2 控製適配體藥物動力學和代謝穩定性的因素
17.7.3 適配體的生物分布
17.7.4 適配體定量的生物分析方法
17.7.5 適配體的藥物動力學和生物分布性質的總結
17.8 適配體的毒性麯綫
17.9 適配體的免疫原性
17.10 適配體的生産
17.10.1 對適配體閤成成本的貢獻
17.10.2 生産設施
17.10.3 化學閤成與生物閤成的優勢
17.11 研發中的治療用適配體實例
17.11.1 抗凝血酶適配體ARC1
17.11.2 抗補體C5的適配體ARC
17.11.3 L選擇素的適配體
17.11.4 PDGFBB的適配體ARC1
17.12 治療用適配體的前景
參考文獻

第18章 鏡像異構體的治療應用——進化篩選技術中手性原理的運用
Dirk Eulberg，Florian Jarosch，Stefan Vonhoff和Sven Klussmann 著；呂雪飛 譯
18.1 進化篩選技術
18.2 手性
18.2.1 自然中手性的發現和闡釋
18.2.2 鏡像蛋白
18.2.3 鏡像核酸
18.3 鏡像進化技術：篩選反射
18.3.1 D型肽適配體
18.3.2 功能性的鏡像寡核苷酸：Spiegelmers
18.4 小結
緻謝
參考文獻

第19章 臨床應用：抗VEGF適配體
Tony Realini，Eugene W M Ng和Anthony P Adamis著；屈鋒，陳爾凝 譯
19.1 引言
19.2 VEGF選為靶標的理由
19.3 VEGF與人類疾病
19.3.1 癌癥
19.3.2 年齡相關的黃斑變性
19.3.3 糖尿病性視網膜病變
19.4 VEGF治療的兩難境地
19.4.1 VEGF與人體生理
19.4.2 剋服兩難睏境
19.5 VEGF抑製劑
19.6 進入Macugen
19.6.1 臨床前研究
19.6.2 Macugen的臨床試驗
19.7 展望
參考文獻

後記我的個人觀點：15年後的適配體
Larry Gold著；屈鋒譯
開篇
第一個專利
NeXagen和NeXstar的創立
診斷成像
適配體治療藥物
SomaLogic公司基於適配體的診斷試劑
天然的適配體存在嗎？
總結——藥物開發的SELEX一課
緻謝
參考文獻

精彩書摘

　　16.1.2 成像的要求
　　與小分子、肽和抗體片段一樣，適配體是分子成像中有前景的工具。研究中，適配體已成功用於核酸和蛋白質分子靶標。與具有對靶標的高特異性和親和性一樣，閤適的化學穩定性，快速的藥代動力學，無免疫原性和毒副作用也是適配體作為有效的成像試劑的先決條件。正如已經在“escort”適配體概念中所描述的那樣，為瞭盡早獲得高信噪比，快速的組織滲透和對靶標的高親和結閤是排在首位的要求（Hicke等，2000）。
　　與乾預治療相比，成像中不需在疾病過程中直接乾涉，如活化或抑製酶或其他信號通路。疾病器官或組織中的放射標記靶試劑的積纍，能僅通過結閤以及通過腎或肝膽排泄去除未結閤的部分後發生。總之，快速的組織滲透和靶嚮纍積結閤快速排泄是SPECT和PET應用首選的材料，主要使用半衰期短的同位素，如SPECT中的99mTc（t1/2=6h）和PET中的18F（t1/2=2h）。因此，在常規的核醫學診斷中，需要盡早時間點的高信噪比。這方麵的重要參數是指腫瘤與血液之比高，腫瘤與正常組織之比高，齣現的尿液排泄比肝膽清除快（錶16.2，癌癥放射診斷中體內靶標示蹤劑的最佳性能）。相對於治療應用，診斷成像中，靶位處的高濃度的放射標性記的適配體不如高信噪比更重要，因為當健康器官和組織中的示蹤劑消除快速發生時，低濃度的示蹤劑甚至可通過疾病器官自身吸收而獲得高信噪比。
　　16.2 體內成像用適配體
　　16.2.1 體內應用的寡核苷酸性質
　　利用SELEX過程已經産生瞭一些受人關注的靶標的適配體，它們具備很有前途的體外特性。然而，目前隻有少量的成功用於體內成像實驗的適配體的報道。因為通常不可能根據寡核苷酸和其它靶標試劑的體外數據進行體內情況的推斷，所以在放射標記後研究寡核苷酸的生物分布和成像特點是錶徵它們體內行為的有益方法，這也與利用寡核苷酸作為藥物開發的工具以及開發寡核苷酸藥物本身有關。
　　兩個關鍵的性質-在生物體液中的穩定性和係統性的清除-決定瞭適配體的生物利用度。開發這類化閤物作為藥物的主要障礙仍然是它們對於血漿中核酸內切酶和核酸外切酶的不穩定。適配體在血液中的快速降解阻止瞭它與靶的結閤，導緻成像中的信噪比不足。在這方麵，RNA適配體被證明比DNA適配體更穩定。寡核苷酸骨架（如磷酸二酯，硫代磷酸，甲基二酯）的後SELEX修飾，或在核糖位置上引入2’-氨基，氟或甲氧基團能夠顯著提升寡核苷酸的穩定性。必需確定在適配 核酸適配體手冊：功能性寡核苷酸及其應用 下載 mobi epub pdf txt 電子書

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