基本信息

• 商品名稱：蛋白質模擬的多尺度方法/新生物學叢書
• 作者：(波)科林斯基|譯者:王存新
• 定價：118
• 齣版社：科學
• ISBN號：9787030396495

其他參考信息（以實物為準）

• 齣版時間：2014-02-01
• 印刷時間：2014-02-01
• 版次：1
• 印次：1
• 開本：16開
• 包裝：平裝
• 頁數：284
• 字數：421韆字

編輯推薦語

科林斯基編著的《蛋白質模擬的多尺度方法》給齣瞭涉及蛋白質分子模擬領域內*新的綜述和通用的方法，學術思想新穎，內容包括蛋白質結構預測方法、蛋白質動力學、蛋白質摺疊機理及生物大分子相互作用等方麵的理論和應用，涵蓋瞭粗粒化模型、各種不同的采樣技術及生物物理學和生物醫學方麵的應用等十分廣闊的範圍。 本書不僅適閤於從事計算生物學、蛋白質分子模擬和分子設計的專業技術人員，而且可供剛開始接觸生物分子模擬的人員學習參考，可提供給高等學校及科研院所的教師、研究人員和研究生參考，也可選為分子模擬和生物信息學、係統生物學等課程的指定參考書。

內容提要

科林斯基編著的《蛋白質模擬的多尺度方法》涉 及蛋白質分子模擬領域內*新的綜述和通用方法，學 術思想新穎，內容包括蛋白質結構預測方法、蛋白質 動力學、蛋白質摺疊機理及生物大分子相互作用等方 麵的理論和應用，涵蓋瞭各種不同的采樣技術、粗粒 化模型、分子對接方法的原理與方法，以及在分子設 計與藥物設計等生物物理學與生物醫學方麵的應用等 十分廣闊的範圍。本書各章的作者都是目前該領域的 知名專傢學者。
     《蛋白質模擬的多尺度方法》不僅適閤於從事計 算生物學、蛋白質分子模擬和分子設計的專業 技術人員，而且可供剛開始接觸生物分子模擬的人員 學習參考；既可用於高 等學校及科研院所的教師、研究人員和研究生參考， 也可選為分子模擬和生 物信息學、係統生物學等課程的指定參考書。
    

目錄

作者通訊地址
《新生物學叢書》叢書序
譯者序
前言
第1章 格子聚閤物和蛋白質模型
1.1 鏈分子的簡化模型
1.2 簡單的格子聚閤物
1.3 具有類蛋白質性質的簡單格子聚閤物
1.4 *小類蛋白質模型
1.5 高協調格子蛋白模型
1.6 應用格子模型的蛋白質摺疊和結構預測
參考文獻
第2章蛋 白質和多肽的多尺度對接
2.1 引言
2.2 剛性對接程序
2.3 柔性對接
2.4 CABS多尺度柔性對接
2.4.1 柔性處理
2.4.2 多肽對接到受體蛋白的示例
2.4.3 蛋白質-蛋白質對接
2.5 展望
參考文獻
第3章 蛋白質粗粒化模型：理論與應用
3.1 引言
3.2 蛋白質粗粒化模型的發展史
3.3 構象空間錶示方式的選擇
3.4 相互作用設計形式
3.5 粗粒化力場的獲得
3.5.1 基本公式
3.5.2 統計勢（玻耳茲曼原理）
3.5.3 PMF、的因子展開
3.5.4 力匹配方法
3.5.5 有效能量函數的優化
3.5.6 “基於知識”和“基於物理”的勢能
3.6 粗粒化模型在蛋白質結構預測中的應用
3.7 粗粒化模型在研究蛋白質動力學和熱力學中的應用
3.8 結論與展望
參考文獻
第4章 基於原子模型和粗粒化模型的結構預測與優化中的構象采樣
4.1 引言
4.2 迭代結構優化框架
4.2.1 采樣效率的定量度量
4.3 不同分辨率的蛋白質模型
4.3.1 蛋白質的全原子模型
4.3.2 蛋白質的粗粒化模型
4.4 采樣不同蛋白質模型進行迭代優化
4.4.1 采樣方法
4.4.2 嚮天然態的精細優化
4.5 結論與展望
參考文獻
第5章 蛋白質的有效全原子勢
5.1 引言
5.2 有效勢
5.3 應用
5.3.1 摺疊熱力學
5.3.2 機械去摺疊
5.3.3 聚集性
5.4 結論
參考文獻
第6章 蛋白質粗粒化模擬中的統計接觸勢：從兩體到多體勢
6.1 引言
6.2 基於知識的勢函數的發展曆史
6.2.1 逆玻耳茲曼關係
6.2.2 準化學近似
6.3 距離無關的勢函數
6.3.1 采樣權重
6.4 距離相關的勢函數
6.5 幾何勢函數
6.6 多體勢
6.6.1 四體接觸勢
6.6.2 四體接觸勢的能量方程
6.7 優化方法
6.8 蛋白質統計接觸勢與理想的氨基酸相互作用模式的比較分析
6.9 蛋白質粗粒化模型的統計力場
6.10 基於知識勢函數的應用
6.11 未來發展趨勢
參考文獻
第7章 蛋白質集閤運動的全原子描述和粗粒化描述之間的關聯
7.1 引言
7.2 蛋白質在不同時間尺度的內在動力學：研究方法
7.2.1 低能的集體激發
7.2.2 結構子態
7.2.3 子態之間及子態內部的漲落
7.2.4 不同子態的結構漲落之間的比較
7.2.5 蛋白質動力學的粗粒化描述及模擬
7.3 不同時間尺度上的蛋白質內在動力學：以腺苷酸激酶為例
7.3.1 在一個近乎平坦的自由能麯麵下的構象漲落：以TAT為例
7.4 結論
參考文獻
第8章 基於結構的生物分子模型：蛋白質拉伸、結節動力學、流體動力學效應及病毒衣殼刻痕
8.1 引言
8.2 基於結構的蛋白質模型
8.3 基於結構的DNA和樹狀分子模型
8.4 基於結構的蛋白模型應用舉例
8.4.1 17 134個蛋白質的機械強度
8.4.2 結的動力學
8.4.3 膜蛋白
8.4.4 流體動力學相互作用
8.4.5 病毒衣殼的納米壓痕
參考文獻
第9章 蛋白質能量地貌采樣——有效算法探索
9.1 引言
9.2 基本的模擬技術
9.2.1 分子動力學模擬
9.2.2 濛特卡洛模擬
9.2.3 優化技術
9.3 **的模擬技術
9.3.1 去摺疊模擬
9.3.2 **的*新方法
9.3.3 廣義係綜技術
9.4 *近的應用
9.5 結論
參考文獻
**0章 蛋白質結構預測：從已知結構識彆匹配到片段重組
10.1 引言
10.2 蛋白質結構預測方法：分類與關鍵評價
10.3 基於模闆的蛋白質結構預測的“元”方法
10.4 從多模闆模型到雜閤模型
10.5 片段組裝：從頭蛋白質結構預測方法的新趨勢
10.5.1 基於片段組裝的從頭預測（及隨後的結構優化）
10.5.2 包含片段組裝和摺疊模擬的混閤方法
10.5.3 其他基於模闆預測的蛋白質結構預測方法
10.6 為什麼片段組裝方法能如此成功
10.7 結論與展望
參考文獻
**1章 基因組水平的蛋白質結構預測
11.1 引言
11.2 基因組水平蛋白質結構預測領域的*前沿研究
11.3 TASSER方法
11.4 I—TASSER方法
11.5 用TASSER／I—TASSER進行大規模結構預測測試
11.6 大腸杆菌基因組中中等大小ORF的結構預測
11.7 人類基因組中的全部907個推定GPCR的結構預測
11.8 I—TASSER方法應用於沙眼衣原體基因組
11.9 結論
參考文獻
**2章 蛋白質摺疊動力學研究的多尺度方法
12.1 引言
12.2 將實驗與理論模擬相結閤的結構動力學研究
12.3 基於高精度簡化模型的蛋白質動力學研究
12.3.1 采用高精度從頭模型的蛋白質摺疊研究範例體係
12.4 結論
參考文獻
**3章 基於模闆的蛋白質結構模型的誤差估計
13.1 引言
13.2 質量評價方法的概述
13.2.1 基於物理學的打分
13.2.2 基於知識的勢
13.2.3 評價比對質量
13.3 SPAD分值
13.3.1 SPAD分值的定義
13.3.2 SPAD與模型RMSD的相關性
13.3.3 與模型局部質量的相關性
13.4 結構模型的真實值質量評價
13.4.1 Tondel方法
13.4.2 ProQ
13.4.3 TVSMod
13.4.4 SubAqua方法
13.5 結論
參考文獻
**4章 蛋白質結構預測評價方法：問題與對策
14.1 引言
14.2 模型質量的數值計算
14.3 成功策略的鑒定
14.4 認識蛋白質結構預測的進展
14.5 模型質量的先驗評價
14.6 蛋白質模型在生物醫學研究中的應用
14.7 結論與展望
參考文獻
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